Contig 003856:  Sequence
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+                                                                    AAT
                      ____________________________________________________________
consensus                                                                      AAT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           TACACATCACTTAGAGCATTGCAAGCAGATTTANGGAATCAGATTGAAACATGGGTTAAT
                      ____________________________________________________________
consensus             TACACATCACTTAGAGCATTGCAAGCAGATTTANGGAATCAGATTGAAACATGGGTTAAT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           AAAAATAAATGTAGTGAAACTAATGTGATCTAATGTAATGATGTAGGGATAAGAAACACA
                      ____________________________________________________________
consensus             AAAAATAAATGTAGTGAAACTAATGTGATCTAATGTAATGATGTAGGGATAAGAAACACA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           TAGAAATGTAGTTAAACTCACATTTTAAATGTCATAATTTGACTACCAAATTAACTGCTA
                      ____________________________________________________________
consensus             TAGAAATGTAGTTAAACTCACATTTTAAATGTCATAATTTGACTACCAAATTAACTGCTA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           TGAAAAATCTATCATTTAATGTTAAAGTTCTAAATACATTTAAGCAAAAATGACCTCATA
                      ____________________________________________________________
consensus             TGAAAAATCTATCATTTAATGTTAAAGTTCTAAATACATTTAAGCAAAAATGACCTCATA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           AAGTCCATAATATTATAAACTACAAAGCTCATATGTCAGCAATCTCAAAATATCAATTAC
                      ____________________________________________________________
consensus             AAGTCCATAATATTATAAACTACAAAGCTCATATGTCAGCAATCTCAAAATATCAATTAC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           ATAAACACAGATGATTTGATGCTATTTCCAAGAAAAACTCAAGAGTCATTCAAATTATTA
JMSF043P14+                                                               AATTATTA
                      ____________________________________________________________
consensus             ATAAACACAGATGATTTGATGCTATTTCCAAGAAAAACTCAAGAGTCATTCAAATTATTA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           CTGCTAATTCATTTTGCACACAAAACACACTTTTTTAGACAAAAAAGAGAAGTTATTAAC
JMSF043P14+           CTGCTAATTCATTTTGCACACAAAACACACTTTTTTAGACAAAAAAGAGAAGTTATTAAC
                      ____________________________________________________________
consensus             CTGCTAATTCATTTTGCACACAAAACACACTTTTTTAGACAAAAAAGAGAAGTTATTAAC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           ATCACCTGATATAAAACCTAAATCTTAAAACACTCAGACAGTTTACCTATTCACAATTAC
JMSF043P14+           ATCACCTGATATAAAACCTAAATCTTAAAACACTCAGACAGTTTACCTATTCACAATTAC
                      ____________________________________________________________
consensus             ATCACCTGATATAAAACCTAAATCTTAAAACACTCAGACAGTTTACCTATTCACAATTAC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           AGTTTTACAACAAACAAAAATTGCAGTCAAGAATAATGCGGAAAATACGCAGTTCTACAA
JMSF043P14+           AGTTTTACAACAAACAAAAATTGCAGTCAAGAATAATGCGGAAAATACGCAGTTCTACAA
                      ____________________________________________________________
consensus             AGTTTTACAACAAACAAAAATTGCAGTCAAGAATAATGCGGAAAATACGCAGTTCTACAA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF016L09+           TTATAGGTAGCAAAAGGAAGCAGCCAATTAACACTCCAGGTAACATAC            
JMSF043P14+           TTATAGGTAGCAAAAGGAAGCAGCCAATTAACACTCCAGGTAACATACGCACATTAATAT
                      ____________________________________________________________
consensus             TTATAGGTAGCAAAAGGAAGCAGCCAATTAACACTCCAGGTAACATACGCACATTAATAT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF043P14+           CGAATTATTTAAGCATTACCTTAGCAAAATGTTGTTGTATGTACACTGTTTCTACAAGTT
                      ____________________________________________________________
consensus             CGAATTATTTAAGCATTACCTTAGCAAAATGTTGTTGTATGTACACTGTTTCTACAAGTT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF043P14+           TTACCTCTTTACGCCATTGATAGCCTTTTACCTTAGTTGGTAACTCGAAAATTTACCTTC
                      ____________________________________________________________
consensus             TTACCTCTTTACGCCATTGATAGCCTTTTACCTTAGTTGGTAACTCGAAAATTTACCTTC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF043P14+           ATATTAGGTTTCGGATCACAAGGTTGAATCCACATATGTGAAAAACACTCATCTATGTTT
                      ____________________________________________________________
consensus             ATATTAGGTTTCGGATCACAAGGTTGAATCCACATATGTGAAAAACACTCATCTATGTTT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF043P14+           ATATAACTCAAAAAAAGAGCAAATGTAAGCGTAACAGTAGATCGGAACGAATTCCCTAAA
                      ____________________________________________________________
consensus             ATATAACTCAAAAAAAGAGCAAATGTAAGCGTAACAGTAGATCGGAACGAATTCCCTAAA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF043P14+           CCGAGCTCAGATTTTCAAATTGGGTTAGAAAAAGGAAAGATTGTATGTTGAGCGGTGTGT
                      ____________________________________________________________
consensus             CCGAGCTCAGATTTTCAAATTGGGTTAGAAAAAGGAAAGATTGTATGTTGAGCGGTGTGT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF043P14+           ATAGACGAACAAGAACGGATGGATAGCTCGGTCAGAATGAGATTGGGCAAGAGATTGAGT
                      ____________________________________________________________
consensus             ATAGACGAACAAGAACGGATGGATAGCTCGGTCAGAATGAGATTGGGCAAGAGATTGAGT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF043P14+           TTGAAACCTAAAGAATCGATGGCCATCACCAACAACGGATGGAATCGACGCGATCGGACC
                      ____________________________________________________________
consensus             TTGAAACCTAAAGAATCGATGGCCATCACCAACAACGGATGGAATCGACGCGATCGGACC