Contig 003032:  Sequence
BLAST Hits against nr-aa DB Show

Alignment

This contig is upended


                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+                                                     TGATTTACAGGGACATGT
JMCP009G10+                                                           ACAGGGACATGT
rJMCP017C03+                                                          ACAGAGACATGT
rJMCP003E01+                                                          ACAGGGACATGT
rJMCP006G11+                                                              GGACATGT
                      ____________________________________________________________
consensus                                                       TGATTTACAGGGACATGT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           TATTTATGTGGCAGTCCAACATGTAATGATGTTAATTTACTAGGTCTTTGTCGTTTTTCA
JMCP009G10+           TATTTATGTGGCAGTCCAACATGTAATGATGTTAATTTACTAGGTCTTTGTCGTTTTTCA
rJMCP017C03+          TATTTATGTGGCAGTCCAACATGTAATGATGTTAATTTACTAGGTCaaacagGTTTTTCA
JMCP001C09+                    GGCAGTCCAACATGTAATGATGTTAATTTACTAGGTCTTTGTCGTTTTTCA
JMCP008G04+                                                                TTTTTCA
rJMCP002H11+                                                                    CA
rJMCP003E01+          TATTTATGTGGCAGTCCAACATGTAATGATGTTAATTTACTAGGTCTTTGTCGTTTTTCA
rJMCP006G11+          TATTTATGTGGCAGTCCAACATGTAATGATGTTAATTTACTAGGTCTTTGTCGTTTTTCA
                      ____________________________________________________________
consensus             TATTTATGTGGCAGTCCAACATGTAATGATGTTAATTTACTAGGTCTTTGTCGTTTTTCA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           TAATTGTTAAAATGTTATTTTCCACTCCTAAAGTTACCTCGAGGCATGCATGAATTA-TC
JMCP009G10+           TAATTGTTAAAATGTTATTTTCCACTCCTAAAGTTACCTCGAGGCATGCATGAATTA-TC
rJMCP017C03+          TAATTGTTAAAATGTTATTTTCCACTCCTAAAGTTACCTCGAGGCATGCATGAATTA-TC
JMCP001C09+           TAATTGTTAAAATGTTATTTTCCACTCCTAAAGTTACCTCGAGGCATGCATGAATTA-TC
JMCP008G04+           TAATTGTTAAAATcTataTTTggtgaggattAGTatggaCGtccgtacgtaGAtaat-ag
rJMCP002H11+          TAATTGTTAAAATGTTATTTTggACTCCTAAAGTTACCTCGAGGCATGCATGAATTA-TC
rJMCP018B06+                                                   AGGCtTGCATcttaat-ag
rJMCP003E01+          TAATTGTTAAAATGTTATTTTCCACTCCTAAAGTTACCTCGAGGCATGCATGAATTA-TC
rJMCP006G11+          TAATTGTTAAAATGTTATTTTCCAgaggTAAAGTTAggagctccgAacgtacttaataaa
                      ____________________________________________________________
consensus             TAATTGTTAAAATGTTATTTTCCACTCCTAAAGTTACCTCGAGGCATGCATGAATTA-TC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           TCTCTCTATTATCTTAAGATAAGAAAAGGAAAACATTTTATTCTTCATTTACACTCACCC
JMCP009G10+           TCTCTCTATTATCTTAAGATAAGAAAAGGAAAACATTTTATTCTTCATTTACACTCACCC
rJMCP017C03+          TCTCTCTATTATCTTAAGATAAGAAAAGGAAAACATTTTATTCTTCATTTACACTCACCC
JMCP001C09+           TCTCTCTATTATCTTAAGATAAGAAAAGGAAAACATTTTATagaTCATTTACACTCACCC
JMCP008G04+           aCagagataTATCTTttGATAAGAAAAGGAAttgATTTTATagaTCATTTACACTCACCC
rJMCP002H11+          TCTCTCTATTtaCTTAAGATAAGAAAAGGAAAACATTTTATTCTTCATTTACACTCACCC
rJMCP018B06+          agagagataatagaattGATAAGAAAtccAAttCAaaaataagaagtaaatgtgTCACCC
rJMCP003E01+          TCTCTCTATTATCTTAAGATAAGAAAAGGAAAACATTTTATTCTTCATTTACACTCACCC
rJMCP019H02+                                                                   CCC
rJMCP006G11+          aaaaaaataaaagaattctaAAGAAAAGGAAAACtTTTataagaaCATTTACACTCACCC
JMCP019A11+                                                                     CC
                      ____________________________________________________________
consensus             TCTCTCTATTATCTTAAGATAAGAAAAGGAAAACATTTTATTCTTCATTTACACTCACCC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
JMCP009G10+           ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
rJMCP017C03+          ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
JMCP001C09+           ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
JMCP008G04+           ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
rJMCP002H11+          ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
rJMCP018B06+          ATTCACTGTCAAGCAcgcAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
rJMCP003E01+          ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
rJMCP019H02+          ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
rJMCP006G11+          ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
JMCP019A11+           ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATaacGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
                      ____________________________________________________________
consensus             ATTCACTGTCAAGCAGCGAAGCTAATATTTGGAACGGAGGAGGTAATTTTAGGGACTCTT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
JMCP009G10+           TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
rJMCP017C03+          TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
JMCP001C09+           TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
JMCP008G04+           TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
rJMCP002H11+          TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
rJMCP018B06+          TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTaaacAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
rJMCP003E01+          TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
rJMCP019H02+          TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
rJMCP006G11+          TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
JMCP019A11+           TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
                      ____________________________________________________________
consensus             TTAATGATACAAATTAAATTTAAGTTTTGAAGTTTTAATGCATCTATCTGATAGTACTAC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
JMCP009G10+           TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
rJMCP017C03+          TGGCTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
JMCP001C09+           TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
JMCP008G04+           TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
rJMCP002H11+          TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
rJMCP018B06+          TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
rJMCP003E01+          TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
rJMCP019H02+          TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
rJMCP006G11+          TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
JMCP019A11+           TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
                      ____________________________________________________________
consensus             TGGTTAGATGTTCAGATCATCTTAACATGATTATTTAGATGAGATAGATCATATATAGAA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
JMCP009G10+           GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
rJMCP017C03+          GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
JMCP001C09+           GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
JMCP008G04+           GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
rJMCP002H11+          GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
rJMCP018B06+          GTTGATCAATTCACACAATcgaAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
rJMCP003E01+          GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
rJMCP019H02+          GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
rJMCP006G11+          GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
JMCP019A11+           GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
                      ____________________________________________________________
consensus             GTTGATCAATTCACACAATGCTAATGTTCATGATATCAACAAATTAAACATTATTGCTCC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
JMCP009G10+           GCaaGAGTCTTGACTTAATTGGCCTAaGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
rJMCP017C03+          GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
JMCP001C09+           GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
JMCP008G04+           GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
rJMCP002H11+          GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
rJMCP018B06+          GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
rJMCP003E01+          GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
rJMCP019H02+          GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
rJMCP006G11+          GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
JMCP019A11+           GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
                      ____________________________________________________________
consensus             GCTTGAGTCTTGACTTAATTGGCCTATGATAATTATGACCAATTTTAACAATCAGAAGGT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
JMCP009G10+           ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
rJMCP017C03+          ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
JMCP001C09+           ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
JMCP008G04+           ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
rJMCP002H11+          ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
rJMCP018B06+          ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
rJMCP003E01+          ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
rJMCP019H02+          ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
rJMCP006G11+          ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
JMCP019A11+           ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
                      ____________________________________________________________
consensus             ACAACTGTACTGTTCTACCAAAAAGATTGTTTCTTTCAAATTAAAATGGAATGGTGGCCT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMCP004D11+           TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATCAGATATGATGTTTCTAGACCT
JMCP009G10+           TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT
rJMCP017C03+          TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT
JMCP001C09+           TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT
JMCP008G04+           TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT
rJMCP002H11+          TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT
rJMCP018B06+          TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATatGATATGATGTT         
rJMCP003E01+          TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT
rJMCP019H02+          TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT
rJMCP006G11+          TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT
JMCP019A11+           TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT
                      ____________________________________________________________
consensus             TGGCTACTCCATGATCCATCTACTACCATGTTTTTTATTAGATATGATGTTTCTAGACCT