| clone | 5'-sequence | 3'-sequence | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Seq. | length | contig | BestHit | Evalue | description | length | contig | BestHit | Evalue | description | |
| JMFF001O21 | Sequence | 780 | 002492 (64) | ref|XP_007205619.1| | 6e-146 | hypothetical protein PRUPE_ppa009116mg [Prunus persica] gb|EMJ06818.1| hypotheti | 913 | 008344 (63) | gb|AHI85710.1| | 2e-107 | stress-induced protein 5, partial [Capsicum annuum] |
| JMFF002E19 | Sequence | 540 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 1e-70 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | |||||
| JMFF002H10 | Sequence | 787 | 002492 (64) | gb|AEZ49160.1| | 1e-154 | polyubiquitin, partial [Wolffia australiana] | 867 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 2e-131 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF003M09 | Sequence | 762 | 002492 (64) | gb|AAO43307.1| | 2e-140 | putative polyubiquitin [Arabidopsis thaliana] | 837 | 017977 | ref|XP_011468094.1| | 7e-159 | PREDICTED: polyubiquitin [Fragaria vesca subsp. vesca] |
| JMFF004P13 | Sequence | 666 | 002492 (64) | ref|XP_003626479.1| | 2e-125 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] gb|AES82697.1| polyubiquitin 3 [Med | 856 | 008344 (63) | gb|AAF04147.1| | 4e-121 | ubiquitin precursor [Hevea brasiliensis] |
| JMFF007L09 | Sequence | 723 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 1e-111 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 902 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 6e-115 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF008C03 | Sequence | 769 | 002492 (64) | emb|CAH59740.1| | 5e-150 | polyubiquitin [Plantago major] | 857 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 3e-109 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF009D13 | Sequence | 661 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 4e-118 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 280 | 008344 (63) | ref|WP_037767754.1| | 4e-19 | ubiquitin [Streptomyces olindensis] gb|KDN74153.1| ubiquitin [Streptomyces olind |
| JMFF010I02 | Sequence | 669 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 7e-113 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | |||||
| JMFF011O16 | Sequence | 727 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 5e-111 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 892 | 008344 (63) | ref|XP_002872805.1| | 4e-148 | hypothetical protein ARALYDRAFT_490270 [Arabidopsis lyrata subsp. lyrata] gb|EF |
| JMFF012C14 | Sequence | 705 | 002492 (64) | ref|XP_003626479.1| | 8e-122 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] gb|AES82697.1| polyubiquitin 3 [Med | 889 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 1e-139 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF013M22 | Sequence | 789 | 002492 (64) | gb|AEZ49160.1| | 5e-152 | polyubiquitin, partial [Wolffia australiana] | 172 | 008344 (63) | |||
| JMFF016C20 | Sequence | 774 | 002492 (64) | gb|AEZ49160.1| | 2e-160 | polyubiquitin, partial [Wolffia australiana] | 243 | 008344 (63) | ref|XP_005846791.1| | 4e-13 | hypothetical protein CHLNCDRAFT_24467, partial [Chlorella variabilis] gb|EFN5468 |
| JMFF016E23 | Sequence | 814 | 002492 (64) | ref|XP_008358804.1| | 3e-137 | PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: polyubiquitin 11-like, partial [Malus domestica | 859 | 008344 (63) | gb|AAF04147.1| | 5e-132 | ubiquitin precursor [Hevea brasiliensis] |
| JMFF016I10 | Sequence | 790 | 002492 (64) | ref|XP_003570150.1| | 1e-149 | PREDICTED: polyubiquitin 11 isoform X2 [Brachypodium distachyon] | 836 | 008344 (63) | gb|AHI85710.1| | 1e-108 | stress-induced protein 5, partial [Capsicum annuum] |
| JMFF017F24 | Sequence | 783 | 002492 (64) | ref|XP_002872805.1| | 4e-158 | hypothetical protein ARALYDRAFT_490270 [Arabidopsis lyrata subsp. lyrata] gb|EF | 915 | 008344 (63) | ref|XP_009114489.1| | 5e-165 | PREDICTED: polyubiquitin-like [Brassica rapa] |
| JMFF017L10 | Sequence | 783 | 002492 (64) | gb|AFW66442.1| | 4e-128 | putative ubiquitin family protein, partial [Zea mays] | 908 | 008344 (63) | gb|ABH08755.1| | 1e-115 | ubiquitin [Arabidopsis thaliana] |
| JMFF017N15 | Sequence | 771 | 002492 (64) | gb|AEZ49160.1| | 6e-153 | polyubiquitin, partial [Wolffia australiana] | 878 | 008344 (63) | gb|ACT82769.1| | 7e-116 | polyubiquitin [Nicotiana tabacum] |
| JMFF017O24 | Sequence | 774 | 002492 (64) | gb|AEZ49160.1| | 2e-158 | polyubiquitin, partial [Wolffia australiana] | 922 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 4e-129 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF019A22 | Sequence | 777 | 002492 (64) | gb|AEZ49160.1| | 4e-143 | polyubiquitin, partial [Wolffia australiana] | 902 | 008344 (63) | ref|XP_009605659.1| | 6e-151 | PREDICTED: polyubiquitin [Nicotiana tomentosiformis] |
| JMFF021H24 | Sequence | 710 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 2e-106 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 871 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 4e-119 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF023I24 | Sequence | 705 | 002492 (64) | gb|AAR32784.1| | 2e-89 | polyubiquitin [Clusia minor] | 792 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 1e-107 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF024M15 | Sequence | 754 | 002492 (64) | emb|CCO30833.1| | 2e-126 | Polyubiquitin [Rhizoctonia solani AG-1 IB] | 911 | 008344 (63) | ref|XP_009114489.1| | 2e-132 | PREDICTED: polyubiquitin-like [Brassica rapa] |
| JMFF024O14 | Sequence | 759 | 002492 (64) | ref|XP_006428821.1| | 4e-114 | hypothetical protein CICLE_v10012292mg [Citrus clementina] ref|XP_006480633.1| P | 869 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 9e-130 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF026G18 | Sequence | 717 | 002492 (64) | ref|XP_003590494.1| | 1e-129 | Ubiquitin [Medicago truncatula] | 871 | 008344 (63) | ref|XP_009114489.1| | 6e-157 | PREDICTED: polyubiquitin-like [Brassica rapa] |
| JMFF027A02 | Sequence | 722 | 002492 (64) | ref|XP_003626479.1| | 9e-138 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] gb|AES82697.1| polyubiquitin 3 [Med | 879 | 008344 (63) | gb|ABH08753.1| | 4e-132 | ubiquitin [Arabidopsis thaliana] |
| JMFF027B18 | Sequence | 724 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 7e-125 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 911 | 008344 (63) | ref|NP_567286.1| | 5e-133 | ubiquitin 11 [Arabidopsis thaliana] ref|NP_849291.1| polyubiquitin 14 [Arabidops |
| JMFF027D16 | Sequence | 533 | 002492 (64) | tpg|DAA44273.1| | 5e-93 | TPA: Ubiquitin fusion protein [Zea mays] | 869 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 3e-109 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF027E21 | Sequence | 739 | 002492 (64) | emb|CAD27944.1| | 5e-127 | polyubiquitin-like [Oryza sativa] | 873 | 008344 (63) | ref|XP_002872805.1| | 5e-152 | hypothetical protein ARALYDRAFT_490270 [Arabidopsis lyrata subsp. lyrata] gb|EF |
| JMFF028G08 | Sequence | 711 | 002492 (64) | gb|AAR32784.1| | 9e-113 | polyubiquitin [Clusia minor] | 875 | 008344 (63) | gb|ABH08753.1| | 2e-126 | ubiquitin [Arabidopsis thaliana] |
| JMFF028O04 | Sequence | 723 | 002492 (64) | tpg|DAA44273.1| | 1e-101 | TPA: Ubiquitin fusion protein [Zea mays] | 863 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 4e-127 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF029E10 | Sequence | 721 | 002492 (64) | gb|ABI84246.1| | 9e-130 | polyubiquitin 10 [Arachis hypogaea] | 846 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 1e-130 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF030M07 | Sequence | 585 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 2e-98 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 808 | 008344 (63) | gb|AAF04147.1| | 2e-117 | ubiquitin precursor [Hevea brasiliensis] |
| JMFF031M10 | Sequence | 795 | 002492 (64) | gb|AAF04147.1| | 9e-140 | ubiquitin precursor [Hevea brasiliensis] | 871 | 008344 (63) | gb|ABH08753.1| | 1e-144 | ubiquitin [Arabidopsis thaliana] |
| JMFF031M15 | Sequence | 774 | 002492 (64) | gb|AEZ49160.1| | 6e-149 | polyubiquitin, partial [Wolffia australiana] | 902 | 008344 (63) | gb|AAF04147.1| | 1e-127 | ubiquitin precursor [Hevea brasiliensis] |
| JMFF032B04 | Sequence | 776 | 002492 (64) | emb|CCO30833.1| | 1e-124 | Polyubiquitin [Rhizoctonia solani AG-1 IB] | 870 | 008344 (63) | ref|NP_567286.1| | 2e-147 | ubiquitin 11 [Arabidopsis thaliana] ref|NP_849291.1| polyubiquitin 14 [Arabidops |
| JMFF032J12 | Sequence | 791 | 002492 (64) | gb|KIH51431.1| | 4e-132 | ubiquitin family protein [Ancylostoma duodenale] | 884 | 008344 (63) | gb|ABH08753.1| | 5e-124 | ubiquitin [Arabidopsis thaliana] |
| JMFF033E14 | Sequence | 759 | 002492 (64) | ref|XP_010235843.1| | 1e-130 | PREDICTED: polyubiquitin 11 isoform X1 [Brachypodium distachyon] | 850 | 008344 (63) | ref|XP_002872805.1| | 2e-138 | hypothetical protein ARALYDRAFT_490270 [Arabidopsis lyrata subsp. lyrata] gb|EF |
| JMFF033O23 | Sequence | 674 | 002492 (64) | gb|ACA58351.1| | 2e-108 | ubiquitin-like protein [Sandersonia aurantiaca] | |||||
| JMFF035F03 | Sequence | 778 | 002492 (64) | gb|ACH45553.1| | 3e-137 | putative ubiquitin C variant 2 [Taeniopygia guttata] gb|ACH45555.1| putative ubi | 745 | 008344 (63) | ref|NP_001190681.1| | 1e-91 | ubiquitin 11 [Arabidopsis thaliana] ref|XP_003626480.1| Ubiquitin-like protein [ |
| JMFF038O18 | Sequence | 781 | 002492 (64) | gb|KJB36627.1| | 1e-153 | hypothetical protein B456_006G167800 [Gossypium raimondii] | 907 | 008344 (63) | ref|XP_009114489.1| | 1e-149 | PREDICTED: polyubiquitin-like [Brassica rapa] |
| JMFF040B16 | Sequence | 748 | 002492 (64) | gb|KIH55346.1| | 3e-133 | ubiquitin family protein [Ancylostoma duodenale] | 802 | 008344 (63) | gb|AAF04147.1| | 5e-121 | ubiquitin precursor [Hevea brasiliensis] |
| JMFF040L17 | Sequence | 753 | 002492 (64) | emb|CAD27944.1| | 4e-126 | polyubiquitin-like [Oryza sativa] | 879 | 008344 (63) | gb|ABH08753.1| | 1e-137 | ubiquitin [Arabidopsis thaliana] |
| JMFF040N02 | Sequence | 776 | 002492 (64) | ref|XP_002872805.1| | 1e-116 | hypothetical protein ARALYDRAFT_490270 [Arabidopsis lyrata subsp. lyrata] gb|EF | 859 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 3e-101 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMFF040O06 | Sequence | 770 | 002492 (64) | ref|XP_002872805.1| | 9e-146 | hypothetical protein ARALYDRAFT_490270 [Arabidopsis lyrata subsp. lyrata] gb|EF | 867 | 008344 (63) | gb|ABH08753.1| | 6e-145 | ubiquitin [Arabidopsis thaliana] |
| JMFF042B14 | Sequence | 656 | 002492 (64) | ref|XP_003626479.1| | 1e-135 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] gb|AES82697.1| polyubiquitin 3 [Med | 435 | 008344 (63) | emb|CAD56223.1| | 3e-45 | polyubiquitin [Cicer arietinum] |
| JMFF042N07 | Sequence | 609 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 8e-125 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 564 | 008344 (63) | ref|NP_001190681.1| | 1e-83 | ubiquitin 11 [Arabidopsis thaliana] ref|XP_003626480.1| Ubiquitin-like protein [ |
| JMFF044G07 | Sequence | 605 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 1e-123 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 603 | 008344 (63) | ref|XP_007154497.1| | 1e-68 | hypothetical protein PHAVU_003G1236000g, partial [Phaseolus vulgaris] ref|XP_007 |
| JMFF047C16 | Sequence | 360 | 002492 (64) | emb|CDY70361.1| | 2e-63 | BnaAnng33460D, partial [Brassica napus] | 313 | 008344 (63) | dbj|BAP11185.1| | 5e-26 | putative ubiquitin extension protein 1, partial [Zanthoxylum ailanthoides] dbj| |
| JMFF050H04 | Sequence | 621 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 2e-125 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 553 | 008344 (63) | ref|NP_001190681.1| | 8e-81 | ubiquitin 11 [Arabidopsis thaliana] ref|XP_003626480.1| Ubiquitin-like protein [ |
| JMFF051G10 | Sequence | 526 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 4e-106 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | |||||
| JMFN040D05 | Sequence | 593 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 1e-125 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | |||||
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| JMFN042H05 | Sequence | 631 | 002492 (64) | ref|XP_003626479.1| | 4e-137 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] gb|AES82697.1| polyubiquitin 3 [Med | |||||
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| JMFS129H08 | Sequence | 626 | 002492 (64) | ref|XP_003626479.1| | 5e-138 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] gb|AES82697.1| polyubiquitin 3 [Med | |||||
| JMFS156G07 | Sequence | 550 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 2e-124 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | |||||
| JMFS163E05 | Sequence | 572 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 2e-130 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | |||||
| JMSF002G17 | Sequence | 535 | 002492 (64) | ref|XP_003619702.1| | 3e-106 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] | 830 | 008344 (63) | ref|XP_009114489.1| | 1e-158 | PREDICTED: polyubiquitin-like [Brassica rapa] |
| JMSF027N24 | Sequence | 750 | 002492 (64) | gb|AEZ49160.1| | 8e-151 | polyubiquitin, partial [Wolffia australiana] | 811 | 008344 (63) | gb|ABH08753.1| | 2e-134 | ubiquitin [Arabidopsis thaliana] |
| JMSF031B03 | Sequence | 719 | 002492 (64) | ref|XP_003626479.1| | 1e-136 | Ubiquitin-like protein [Medicago truncatula] gb|AES82697.1| polyubiquitin 3 [Med | 837 | 008344 (63) | gb|ACJ85643.1| | 2e-125 | unknown [Medicago truncatula] |
| JMSF046P23 | Sequence | 797 | 002492 (64) | gb|AEZ49160.1| | 2e-124 | polyubiquitin, partial [Wolffia australiana] | |||||
| JMSF052N03 | Sequence | 752 | 002492 (64) | ref|XP_002872805.1| | 3e-147 | hypothetical protein ARALYDRAFT_490270 [Arabidopsis lyrata subsp. lyrata] gb|EF | 1188 | 008344 (63) | sp|P0CG84.1|UBI4P_NICSY | 0.0 | RecName: Full=Polyubiquitin; Contains: RecName: Full=Ubiquitin; Flags: Precurso |
| JMSF053A01 | Sequence | 755 | 002492 (64) | ref|XP_007205619.1| | 2e-153 | hypothetical protein PRUPE_ppa009116mg [Prunus persica] gb|EMJ06818.1| hypotheti | 1058 | 008344 (63) | ref|XP_009114489.1| | 6e-121 | PREDICTED: polyubiquitin-like [Brassica rapa] |
This contig is upended
. : . : . : . : . : . :
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____________________________________________________________
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. : . : . : . : . : . :
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____________________________________________________________
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. : . : . : . : . : . :
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. : . : . : . : . : . :
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____________________________________________________________
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. : . : . : . : . : . :
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JMFF033O23+ TTGT-CAATGGTGTCGGAGCTNTCAACTTCCAG-GGGTGATTGTCTTNCCCGTG-AGGGT
JMFF024O14+ TTGT-CAATGGTGTCGGAGCTCTCAACTTCCCA-GGGTGATTGTCTTACCCGTG-AGGGT
JMFF031M10+ TTGT-CAATGGTGTCGGAGCTCTCAACTT-CCA-GGGTGATTGTCTTACCNGTG-AGGGT
JMFF028O04+ TTGT-CAATGGTGTCGGAGCTCTCAACTT-CCA-GGGTGATTGTCTTACCCGTG-AGGGT
JMSF052N03+ TTGT-CAATGGTGTCGGAGCTCTCAACTT-CCA-GGGTGATTGTCTTACCCGTG-AGGGT
____________________________________________________________
consensus TTGT-CAATGGTGTCGGAGCTCTCAACTT-CCA-GGGTGATTGTCTTACCCGTG-AGGGT
. : . : . : . : . : . :
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JMFS163E05+ TTTCACGAAGATCTGCAT-CCCACCCCTGAGACGGAGCACC-AAGTGGAGAGTTGACTCC
JMFS036F08+ TTTCACGAAGATCTGCAT-CCCACCCCTGAGACGGAGCACC-AAGTGGAGAGTTGACTCC
JMFS156G07+ TTTCACGAAGATCTGCAT-CCCACCCCTGAGACGGAGCACC-AAGTGGAGAGTTGACTCC
JMFN040F13+ TTTCACGAAGATCTGCAT-CCCACCCCTGAGACGGAGCACC-AAGTGGAGAGTTGACTCC
JMFF017N15+ TTTCACGAAGATCTGCAT-CCCACCCCTGAGACGGAGCACC-AAGTGGAGAGTTGACTCC
JMFF029E10+ TTTCACGAAGATCTGCAT-CCCACCCCTGAGACGGAGCACC-AAGTGGAGAGTTGACTCC
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consensus CGATGGTGTCGGAACTCTCGACCTCGAGAGTTATGGTCTTGCCGGTTAGGGTTTTCACGA
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