Contig 001949:  Sequence
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JMFS056A09+                                                              CACACCTAA
                      ____________________________________________________________
consensus                                                                CACACCTAA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS056A09+           TTAATAATATAATTATGAACTCAAATTCAGCCACACCAATATGTCCGAGTCAATACCCGA
                      ____________________________________________________________
consensus             TTAATAATATAATTATGAACTCAAATTCAGCCACACCAATATGTCCGAGTCAATACCCGA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS056A09+           ACCACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTGAAT
                      ____________________________________________________________
consensus             ACCACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTGAAT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS056A09+           GATGCGTCGCCGGCGCTAAGGCCGTGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCGCAGCAA
                      ____________________________________________________________
consensus             GATGCGTCGCCGGCGCTAAGGCCGTGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCGCAGCAA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS056A09+           CGGGCAAAGCCCGCGTCGACCTTTTATCTAATAAATGCATCCCTTCCAGAAGTCGGGGTT
                      ____________________________________________________________
consensus             CGGGCAAAGCCCGCGTCGACCTTTTATCTAATAAATGCATCCCTTCCAGAAGTCGGGGTT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS056A09+           TGTTGCACGTATTAGCTCTAGAATTACTACGGTTATCCGAGTAGTAGGTACCATCAAACA
                      ____________________________________________________________
consensus             TGTTGCACGTATTAGCTCTAGAATTACTACGGTTATCCGAGTAGTAGGTACCATCAAACA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS056A09+           AACTATAACTGATTTAATGAGCCATTCGCAGTTTCACAGTCTGAATTAGTTCATACTTAC
JMFS085A04+                                                               ATACTTAC
                      ____________________________________________________________
consensus             AACTATAACTGATTTAATGAGCCATTCGCAGTTTCACAGTCTGAATTAGTTCATACTTAC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS056A09+           ACATGCATGGCTTAATCTTTGAGACAAGCATATGACTA                      
JMFS085A04+           ACATGCATGGCTTAATCTTTGAGACAAGCATATGACTACTGGCAGGATCAACCAGGTAGC
                      ____________________________________________________________
consensus             ACATGCATGGCTTAATCTTTGAGACAAGCATATGACTACTGGCAGGATCAACCAGGTAGC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS085A04+           ATTCCTCGACGACGTCGCTGCCGCACGAGACCGACGGTACGCCCCCGTCTCCCGCTCGCT
                      ____________________________________________________________
consensus             ATTCCTCGACGACGTCGCTGCCGCACGAGACCGACGGTACGCCCCCGTCTCCCGCTCGCT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS085A04+           CCTAGGAACGAGGGATTGGCGACGAGAACGACCGCTGGCTAGCTCGAGGCGACAGTTTGA
                      ____________________________________________________________
consensus             CCTAGGAACGAGGGATTGGCGACGAGAACGACCGCTGGCTAGCTCGAGGCGACAGTTTGA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS085A04+           GTCGTACAAAACGCGTCGGGACGGGCAGATTGGAGCTCGACGCCCCTTGCCCTCAAGGTG
                      ____________________________________________________________
consensus             GTCGTACAAAACGCGTCGGGACGGGCAGATTGGAGCTCGACGCCCCTTGCCCTCAAGGTG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS085A04+           GACCGAATCCGAGAGCTCGGACAGTCGCCCTCGTGCCAAGGCCGCCGCGACGATTCGCGA
                      ____________________________________________________________
consensus             GACCGAATCCGAGAGCTCGGACAGTCGCCCTCGTGCCAAGGCCGCCGCGACGATTCGCGA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS085A04+           CGACCGTGGAACGTGGCGATGCCTTCTCCGTTCGTCCCGCGCAAAATCCACGCGTGTTGC
                      ____________________________________________________________
consensus             CGACCGTGGAACGTGGCGATGCCTTCTCCGTTCGTCCCGCGCAAAATCCACGCGTGTTGC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS085A04+           GAAGACGAGCGCGCAACGAAATGCAAATACGTTAAGCCGTCAGTGCCGTGCGAGGTATGC
                      ____________________________________________________________
consensus             GAAGACGAGCGCGCAACGAAATGCAAATACGTTAAGCCGTCAGTGCCGTGCGAGGTATGC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS085A04+           AACACAGGAAACCGTCGTGCGACCAAGGCCTTGCGCCCTTGTGTCGTCTTGTATGAAGAG
                      ____________________________________________________________
consensus             AACACAGGAAACCGTCGTGCGACCAAGGCCTTGCGCCCTTGTGTCGTCTTGTATGAAGAG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS085A04+           GCGTGCTTGGCAGGACGTCGCTGCTCGAGCAGGGATCCAACCTGACCGCACACGCCGATA
                      ____________________________________________________________
consensus             GCGTGCTTGGCAGGACGTCGCTGCTCGAGCAGGGATCCAACCTGACCGCACACGCCGATA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS085A04+           ACCACTCACACACCGTCTCGCGTCGCAAAAAACGCCCCAATCGCTTAGCCGAGGATCGAT
                      ____________________________________________________________
consensus             ACCACTCACACACCGTCTCGCGTCGCAAAAAACGCCCCAATCGCTTAGCCGAGGATCGAT