Contig 001039:  Sequence
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rJMFF006N23-            TATCGATATATTAAACACGGAGTAAATATGAGAAATACAAGGAGGCCGGTGCGGAAGA
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consensus               TATCGATATATTAAACACGGAGTAAATATGAGAAATACAAGGAGGCCGGTGCGGAAGA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
rJMFF006N23-          CACCCACGTTCCCAGAACAGACTCAGAATCAGTTGCCCTTCCAAGAGCATGAGCCACATG
                      ____________________________________________________________
consensus             CACCCACGTTCCCAGAACAGACTCAGAATCAGTTGCCCTTCCAAGAGCATGAGCCACATG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
rJMFF006N23-          ATTCGCTGACCTACGGAATCAGTTGCCCTTCCAAGAGCATGAGCCACATGATTCGCTGAC
                      ____________________________________________________________
consensus             ATTCGCTGACCTACGGAATCAGTTGCCCTTCCAAGAGCATGAGCCACATGATTCGCTGAC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+            TACAAATATGACGAACAGTAATGTTCCCAATATCCCTAACAATATCACGACATTACTTA
rJMFF006N23-          CTACAAATATGACGAACAGTAATGTTCCCAATATCCCTAACAATATCACGACATTACTTA
                      ____________________________________________________________
consensus             CTACAAATATGACGAACAGTAATGTTCCCAATATCCCTAACAATATCACGACATTACTTA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+           ACAACTGCACCAACATAAGAGCATGACAAAAATTTAAATAGTCTGATTTTAAAAAAATAT
rJMFF006N23-          ACAACTGCACCAACATAAGAGCATGACAAAAATTTAAATAGTCTGATTTTAAAAAAATAT
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consensus             ACAACTGCACCAACATAAGAGCATGACAAAAATTTAAATAGTCTGATTTTAAAAAAATAT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+           TATCAAGACTAAGGTCCTTGAGCCATTTAATTGCTTCTTTTACCGCCATCGTCTTCACTA
rJMFF006N23-          TATCAAGACTAAGGTCCTTGAGCCATTTAATTGCTTCTTTTACCGCCATCGTCTTCACTA
                      ____________________________________________________________
consensus             TATCAAGACTAAGGTCCTTGAGCCATTTAATTGCTTCTTTTACCGCCATCGTCTTCACTA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+           GATAAAGGTCTTGTCCACAAGTTAATTTACAACCCAAAGCCGCAACAAAGTGGCCAGGGT
rJMFF006N23-          GATAAAGGTCTTGTCCACAAGTTAATTTACAACCCAAAGCCGCAACAAAGTGGCCAGGGT
                      ____________________________________________________________
consensus             GATAAAGGTCTTGTCCACAAGTTAATTTACAACCCAAAGCCGCAACAAAGTGGCCAGGGT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+           GGTCTCGGATTACAGCCCCATAGCCCGCATCATCCGCAAATATTGCCGCATCCACATTGC
rJMFF006N23-          GGTCTCGGATTACAGCCCCATAGCCCGCATCATCCGCAAATATTGCCGCATCCACATTGC
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consensus             GGTCTCGGATTACAGCCCCATAGCCCGCATCATCCGCAAATATTGCCGCATCCACATTGC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+           ACTTAAGATGGTTGGTGGTAGGAGGTGTCCAGCAATTGGCAGAACTGGTACGTAGAGACA
rJMFF006N23-          ACTTAAGATGGTTGGTGGTAGGAGGTGTCCAGCAATTGGCAGAACTGGTACGTAGAGACA
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consensus             ACTTAAGATGGTTGGTGGTAGGAGGTGTCCAGCAATTGGCAGAACTGGTACGTAGAGACA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+           CAAAAGCACTGCCATAAAATTCTTTCGAATTTGCTCTCCACACATTCACTTGCTGCTTCA
rJMFF006N23-          CAAAAGCACTGCCATAAAATTCTTTCGAATTTGCTCTCCACACATTCACTTGCTGCTTCA
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consensus             CAAAAGCACTGCCATAAAATTCTTTCGAATTTGCTCTCCACACATTCACTTGCTGCTTCA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+           AGCCGAAACAAATTATCAACGCCCAGATTGCCGCAGAATTGAGACGAAGCTGCCAATCGA
rJMFF006N23-          AGCCGAAACAAATTATCAACGCCCAGATTGCCGCAGAATTGAGACGAAGCTGCCAATCGA
                      ____________________________________________________________
consensus             AGCCGAAACAAATTATCAACGCCCAGATTGCCGCAGAATTGAGACGAAGCTGCCAATCGA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+           ACGGAATTTTGGTGCGAAAGAAATCTGCTATGCCGGAATTTCGAAACTACCGCCACTGAA
rJMFF006N23-          ACGGAATTTTGGTGCGAAAGAAATCTGCTATGCCGGAATTTCGAAACTACCGCCACTGAA
                      ____________________________________________________________
consensus             ACGGAATTTTGGTGCGAAAGAAATCTGCTATGCCGGAATTTCGAAACTACCGCCACTGAA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF006N23+           CGGAAATCATTGCCGCCGCCTCCGGAATTCGTCCGGAGTTAATTGAT             
rJMFF006N23-          CGGAAATCATTGCCGCCGCCTCCGGAATTCGTCCGGAGTTAATTGATCGGNTCTCGACGA
                      ____________________________________________________________
consensus             CGGAAATCATTGCCGCCGCCTCCGGAATTCGTCCGGAGTTAATTGATCGGNTCTCGACGA