Contig 000988:  Sequence
BLAST Hits against nr-aa DB Show

clone5'-sequence3'-sequence
Seq.lengthcontigBestHitEvaluedescriptionlengthcontigBestHitEvaluedescription
JMFS002H09Sequence542000988 (3)ref|XP_002512226.1|6e-09transcription factor, putative [Ricinus communis] gb|EEF49678.1| transcription f
JMFS169F09Sequence618000988 (3)emb|CBI34193.3|4e-19unnamed protein product [Vitis vinifera]
JMSF049J02Sequence600000988 (3)ref|XP_002512226.1|2e-13transcription factor, putative [Ricinus communis] gb|EEF49678.1| transcription f763017271ref|XP_011005709.1|9e-46PREDICTED: trihelix transcription factor GTL2-like [Populus euphratica]

Alignment

This contig is upended


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JMFS169F09+ GCTTTCCTCTTCAAATCTCTCCTTGCATTTCTCTGGGCT
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JMFS002H09+ CCAATTAATCTCCATGCTAGATCTGATCCTCAATAGAGCAAGAACTTCCTCATTAGACCA
JMFS169F09+ CCAATTAATCTCCATGCTAGATCTGATCCTCAATAGAGCAAGAACTTCCTCATTAGACCA
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consensus CCAATTAATCTCCATGCTAGATCTGATCCTCAATAGAGCAAGAACTTCCTCATTAGACCA
 
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JMFS002H09+ TGGACCGCCCGGTTCGCCTCCTGCTGCTGCTGATGCTGATGATCTCTCCCTCTCCAGCAC
JMFS169F09+ TGGACCGCCCGGTTCGCCTCCTGCTGCTGCTGATGCTGATGATCTCTCCCTCTCCAGCAC
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JMFS002H09+ CAAGCTTGTGGAAAGGAGTGTTGTTGTTTGGTCTTCCTTGGAGGCTTCATTCTTGGGTTG
JMFS169F09+ CAAGCTTGTGGAAAGGAGTGTTGTTGTTTGGTCTTCCTTGGAGGCTTCATTCTTGGGTTG
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consensus CAAGCTTGTGGAAAGGAGTGTTGTTGTTTGGTCTTCCTTGGAGGCTTCATTCTTGGGTTG
 
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JMFS002H09+ TGGTGGCGGTGGGGACAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTG
JMFS169F09+ TGGTGGCGGTGGGGACAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTG
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consensus TGGTGGCGGTGGGGACAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGGTGGTG
 
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JMFS002H09+ CTGGTGGTGGGGTTGAAGGGTTTGGTGGGACGGGTAGGGATCAAAGGTCGAAAAAGTTGG
JMFS169F09+ CTGGTGGTGGGGTTGAAGGGTTTGGTGGGACGGGTAGGGATCAAAGGTCGAAAAAGTTGG
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                      ____________________________________________________________
consensus CTGGTGGTGGGGTTGAAGGGTTTGGTGGGACGGGTAGGGATCAAAGGTCGAAAAAGTTGG
 
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JMFS002H09+ CGCTGGTGGTGGTGGTGGTTGTGGTGGCGGTGGTGGTGGCGGTGAGGTGGTGGCATGAAG
JMFS169F09+ CGCTGGTGGTGGTGGTGGTTGTGGTGGCGGTGGTGGTGGCGGTGAGGTGGTGGCATGAAG
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JMFS002H09+ TGGGAAAGGGAAGGGAATTTGAAGTGAGACTCTTGAGGAAGCTATGAAGTGGTGGAATTG
JMFS169F09+ TGGGAAAGGGAAGGGAATTTGAAGTGAGACTCTTGAGGAAGCTATGAAGTGGTGGAATTG
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JMFS002H09+ GTCTGGCACACCATCAAACATCTTTGTTTTGTGTGGTTTTGGAATTTGAAAGAGAAGTAT
JMFS169F09+ GTCTGGCACACCATCAAACATCTTTGTTTTGTGTGGTTTTGGAATTTGAAAGAGAAGTAT
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consensus GTCTGGCACACCATCAAACATCTTTGTTTTGTGTGGTTTTGGAATTTGAAAGAGAAGTAT
 
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JMFS002H09+ AGTGTGTAGTGTTTTGTTTTC
JMFS169F09+ AGTGTGTAGTGTTTTGTTTTCTCTCCTCTTACCTCTTTC
JMSF049J02+ AGTGTGTAGTGTTTTGTTTTCTCTCCTCTTACCTCTTTCTTAGCTCACTGTAAAATGGCC
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consensus AGTGTGTAGTGTTTTGTTTTCTCTCCTCTTACCTCTTTCTTAGCTCACTGTAAAATGGCC