Contig 000399:  Sequence
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JMFS168A10+                                                        CATGACGGCCTCCTC
                      ____________________________________________________________
consensus                                                          CATGACGGCCTCCTC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS168A10+           AACCCGATTGACCTCCCTGAATAACTGGGAGGACTGCCAGAACGGGTCTTGATGGTGCTC
                      ____________________________________________________________
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS168A10+           TGAAGGTAAGACTGGCGCGGTGGTCACTTCAGGGACCCGATTGGGTGCGACTTCAGCCGG
                      ____________________________________________________________
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS168A10+           GGCCGGTATCAAACCCGAGATCAAACTAGTGACCCCACCCAGGTGGTGGTGTACCTGGGG
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                      ____________________________________________________________
consensus             GGCCGGTATCAAACCCGAGATCAAACTAGTGACCCCACCCAGGTGGTGGTGTACCTGGGG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS168A10+           AGTCAGCGTGGTAGCATCTGACGGGCCAGGCGTCCTACGCTCAAACCTTGATGATGCCAG
JMFS108F07+           AGTCAGCGTGGTAGCATCTAACGGGCCAGGCGTCCTACGCTCAAACCTCAATGATGCTAG
                      ____________________________________________________________
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS168A10+           CGTGCGCAACCCCCGCTGCGGCGTAATGGTCCCCCTCGTCTGCTGTCCCTGCATAAGTTG
JMFS108F07+           CGTGCGCAACCCCCGCTGCGGCGTAATGGTCCCCTCCGTCTGCTGTCCCTGCATAAGTTG
                      ____________________________________________________________
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS168A10+           TGTGGTCGCATTTGACGGGCCAGCTGTCAACCCCTCCATCCCTAGACGCGTCTCCCTTAC
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                      ____________________________________________________________
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS168A10+           CTGCACCACATTCAACGAGCCAGCCGGCATATCCTCTACCCTCTATGATGCCAGCTCTTG
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                      ____________________________________________________________
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS168A10+           TGTCATCCCTAGGCTAAAACTCGGTGGCTCAAACCCTTC                     
JMFS108F07+           TGTCATCCCTAGGCTAAAACTCGGTGGCTCAAACCCTTCCGGACTGGGCTCCCTGACTTG
JMFS003G02+           TGTCATCCCTAGGCTAAAACTCGGTGGCTCAAATCCTTCCGGACTGGGCTCCCTGACTTG
JMFS055F10+           TGTCATCCCTAGGCTAAAACTCGGTGGCTCAAACCCTTCCGGACTGGGCTCCCTGACTTG
JMFF027K16+           TGTCATCCCTAGGCTAAAACTCGGTGGCTCAAACCCTTCCGGACTGGGCTCCCTGACTTG
JMFS038H03+           TGTCATCCCTAGGCTAAAACTCGGTGGCTCAAATCCTTCCGGACTGGGCTCCCTGACTTG
JMFS026B09+                                    GGCTCAAATCCTTCCGGACTGGGCTCCCTGACTTG
                      ____________________________________________________________
consensus             TGTCATCCCTAGGCTAAAACTCGGTGGCTCAAACCCTTCCGGACTGGGCTCCCTGACTTG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS108F07+           CACCCCCTGTCGAGATTGCATGGTTCCATTTGCCTGGCCAACTGGCATACCCACCACCCG
JMFS003G02+           CACCCCCTGTCGAGATTGCATGGTTCCATTTGCCTGGCCAACTGGCATACCCACCACCCG
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JMFF027K16+           CACCCCCTGTCGAGATTGCATGGTTCCATTTGCCTGGCCAACTGGCATACCCACCACCCG
JMFS038H03+           CACCCCCTGTCGAGATTGCATGGTTCCATTTGCCTGGCCAACTGGCATACCCACCACCCG
JMFS026B09+           CACCCCCTGTCGAGATTGCATGGTTCCATTTGCCTGGCCAACTGGCATACCCACCACCCG
                      ____________________________________________________________
consensus             CACCCCCTGTCGAGATTGCATGGTTCCATTTGCCTGGCCAACTGGCATACCCACCACCCG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS108F07+           CTGTGTCGCTAGATCCCGCATGACGGCCTCCTC-AACCCGATTGACCTCCCTGAATAACT
JMFS003G02+           CTGTGTCGCTAGGTCCCGCGTGACGGCCTCCTCAAACCCGATTGACCTCCCTGAATAACT
JMFS055F10+           CTGTGTCGCTAGATCCCGCATGACGGCCTCCTC-AACCCGATTGACCTCCCTGAATAACT
JMFF027K16+           CTGTGTCGCTAGATCCCGCATGACGGCCTCCTC-AACCCGATTGACCTCCCTGAATAACT
JMFS038H03+           CTGTGTCGCTAGGTCCCGCGTGACGGCCTCCTCAAACCCGATTGACCTCCCTGAATAACT
JMFS026B09+           CTGTGTCGCTAGGTCCCGCGTGACGGCCTCCTCAAACCCGATTGACCTCCCTGAATAACT
                      ____________________________________________________________
consensus             CTGTGTCGCTAGGTCCCGCGTGACGGCCTCCTCAAACCCGATTGACCTCCCTGAATAACT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS108F07+           GGGAGGACTGCCAGAACGGGTCTTCATGGTGCTCTGGAGGTAAGA               
JMFS003G02+           GGGAGGAGTGCCAGAACGGATCTTCATGGTGCTCTGGAGGTAAGACTGGCGCGGTGGTCA
JMFS055F10+           GGGAGGACTGCCAGAACGGGTCTTCATGGTGCTCTGGAGGTAAGACTGGCGCGGTGGTCA
JMFF027K16+           GGGAGGACTGCCAGAACGGGTCTTCATGGTGCTCTGGAGGTAAGACTGGCGCGGTGGTCA
JMFS038H03+           GGGAGGAGTGCCAGAACGGATCTTCATGGTGCTCTGGAGGTAAGACTGGCGCGGTGGTCA
JMFS026B09+           GGGAGGAGTGCCAGAACGGATCTTCATGGTGCTCTGGAGGTAAGACTGGCGCGGTGGTCA
                      ____________________________________________________________
consensus             GGGAGGAGTGCCAGAACGGGTCTTCATGGTGCTCTGGAGGTAAGACTGGCGCGGTGGTCA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS003G02+           CTTCAGGGACGCGATTGGGTGCGACTTCAGCCGGGGCCGGTATCAAACCCGAGATCAAAC
JMFS055F10+           CTTCAGGGACCCGATTGGGTGCGACTTCAGCCGGGGCCGGTATCAAACCCGAGATCAAAC
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JMFS038H03+           CTTCAGGGACGCGATTGGGTGCGACTTCAGCCGGGGCCGGTATCAAACCCGAGATCAAAC
JMFS026B09+           CTTCAGGGACGCGATTGGGTGCGACTTCAGCCGGGGCCGGTATCAAACCCGAGATCAAAC
                      ____________________________________________________________
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS003G02+           TGGCGACCCCACCGAGGTGGTGG                                     
JMFS055F10+           TAGTGACCCCACCCAGGTGGTGGTGTACCTG                             
JMFS038H03+           TGGCGACCCCACCGAGGTGGTGGTGTACTTGCACGAGCTAATTAAATACCCCTGCAT   
JMFS026B09+           TGGCGACCCCACCGAGGTGGTGGTGTACTTGCACGAGCTAATTAAATACCCCTGCATGTG
                      ____________________________________________________________
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS026B09+           ATGTCTAACCTGTTACCTGGGGAGTCAGCGTGGTAGCATCTGACGGGCCAGGCGTCCTGC
                      ____________________________________________________________
consensus             ATGTCTAACCTGTTACCTGGGGAGTCAGCGTGGTAGCATCTGACGGGCCAGGCGTCCTGC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS026B09+           GCTCAAACCTCAATGATGCCAACGTGCGCAACCCCCGCTGCGGCGTAATGGTCCCCCCCG
                      ____________________________________________________________
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS026B09+           TCTGCTGTCCCTGCATAAGGTTTGTGGTCGCATTTGACGGGCCAGCTGTCAACCCCTCCA
                      ____________________________________________________________
consensus             TCTGCTGTCCCTGCATAAGGTTTGTGGTCGCATTTGACGGGCCAGCTGTCAACCCCTCCA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFS026B09+           TCCCTGGACGCGTCTCCCTTACCTGCACCACATTCAACGGGCCAGCCGGCATATCCTCTA
                      ____________________________________________________________
consensus             TCCCTGGACGCGTCTCCCTTACCTGCACCACATTCAACGGGCCAGCCGGCATATCCTCTA