Contig 000306:  Sequence
BLAST Hits against nr-aa DB Show

clone5'-sequence3'-sequence
Seq.lengthcontigBestHitEvaluedescriptionlengthcontigBestHitEvaluedescription
JMFN004L12Sequence375000306 (3)
JMSF049O15Sequence375000306 (3)322000306 (3)

Alignment

This contig is upended


                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF049O15+                                              TTTTTTTTTTAACAAAGTAAACAGA
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                      ____________________________________________________________
consensus                                                TTTTTTTTTTAACAAAGTAAACAGA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF049O15+           TCAGAATTGTATTAATCAGATCATTACACATATATTTATGGCATATGCAAAGTTCACTAC
rJMSF049O15-                                      CATATATTTATGGCATATGCAAAGTTCACTAC
JMFN004L12+           TCAGAATTGTATTAATCAGATCATTACACATATATTTATGGCATATGCAAAGTTCACTAC
                      ____________________________________________________________
consensus             TCAGAATTGTATTAATCAGATCATTACACATATATTTATGGCATATGCAAAGTTCACTAC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF049O15+           CATTGTCACTTGAACAAGTGATCCAAGGTGGTGAAGCTTCCCAATTGCCATGCAATTTAT
rJMSF049O15-          CATTGTCACTTGAACAAGTGATCCAAGGTGGTGAAGCTTCCCAATTGCCATGCAATTTAT
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                      ____________________________________________________________
consensus             CATTGTCACTTGAACAAGTGATCCAAGGTGGTGAAGCTTCCCAATTGCCATGCAATTTAT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF049O15+           TCATTAACTAATTAAATCTGCATGCATGCATGCAGCCATCCGTACGAAACACATACTATA
rJMSF049O15-          TCATTAACTAATTAAATCTGCATGCATGCATGCAGCCATCCGTACGAAACACATACTATA
JMFN004L12+           TCATTAACTAATTAAATCTGCATGCATGCATGCAGCCATCCGTACGAAACACATACTATA
                      ____________________________________________________________
consensus             TCATTAACTAATTAAATCTGCATGCATGCATGCAGCCATCCGTACGAAACACATACTATA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
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rJMSF049O15-          CGTGTAATTCAAGAAAAAATATAAGCTGCTTAATTCCATCTTCATCATATCGCTACTTTG
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                      ____________________________________________________________
consensus             CGTGTAATTCAAGAAAAAATATAAGCTGCTTAATTCCATCTTCATCATATCGCTACTTTG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF049O15+           TATGTAGTTTAATTAGTTTTAATCGCCACCGTTTCCGCCGCCGTATCCTGAGCCATAGCC
rJMSF049O15-          TATGTAGTTTAATTAGTTTTAATCGCCACCGTTTCCGCCGCCGTATCCTGAGCCATAGCC
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                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMSF049O15+           CGACCCATACCCAGACCCACTCCCATATCCGGAACCGTTGCCGCCACCGC          
rJMSF049O15-          CGACCCATACCCAGACCCACTCCCATATCCGGAACCGTTGCCGCCACCGC          
JMFN004L12+           CGACCCATACCCAGACCCACTCCCATATCCGGAACCGTTGCCGCCACCGCCGCCGCCATC
                      ____________________________________________________________
consensus             CGACCCATACCCAGACCCACTCCCATATCCGGAACCGTTGCCGCCACCGCCGCCGCCATC