Alignment Contig 8048

                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :

JMSF045I24+ GAAAACACAACCACTCACCAACCAAACACCAAAACCATTCTTCCTTTTTTAAAATACTTT
JMFF019D17+ ACAACCACTCACCAACCAAACACCAAAACCATTCTTCCTTTTTTAAAATACTTT
____________________________________________________________
consensus GAAAACACAACCACTCACCAACCAAACACCAAAACCATTCTTCCTTTTTTAAAATACTTT

. : . : . : . : . : . :
JMSF045I24+ CCTTTGATTTTTCTCTTAGGAACAGTGAACACCTCCGCCTTTAATTTGATTATCTTATTC
JMFF019D17+ CCTTTGATTTTTCTCTTAGGAACAGTGAACACCTCCGCCTTTAATTTGATTATCTTATTC
____________________________________________________________
consensus CCTTTGATTTTTCTCTTAGGAACAGTGAACACCTCCGCCTTTAATTTGATTATCTTATTC

. : . : . : . : . : . :
JMSF045I24+ TCATCAACTTTGTACCACGAACAATCCCAGGAAACGTACAAACAAAGAATTTGTTGAATT
JMFF019D17+ TCATCAACTTTGTACCACGAACAATCCCAGGAAACGTACAAACAAAGAATTTGTTGAATT
____________________________________________________________
consensus TCATCAACTTTGTACCACGAACAATCCCAGGAAACGTACAAACAAAGAATTTGTTGAATT

. : . : . : . : . : . :
JMSF045I24+ TTGTTTGTGGGGGGAAGTGAAAGAAGTGTAATGTTAAGGGAGTGAAGTGAAATAAAGTCT
JMFF019D17+ TTGTTTGTGGGGGGAAGTGAAAGAAGTGTAATGTTAAGGGAGTGAAGTGAAATAAAGTCT
____________________________________________________________
consensus TTGTTTGTGGGGGGAAGTGAAAGAAGTGTAATGTTAAGGGAGTGAAGTGAAATAAAGTCT

. : . : . : . : . : . :
JMSF045I24+ TGGCCTACGGCAATCCGAACAGCCAGCTATCTCTTCAGAAATCTTATCCTTTCAGCTCTT
JMSF013M17+ AGCTATCTCTTCAGAAATCTTATCCTTTCAGCTCTT
JMFF019D17+ TGGCCTACGGCAATCCGAACAGCCAGCTATCTCTTCAGAAATCTTATCCTTTCAGCTCTT
____________________________________________________________
consensus TGGCCTACGGCAATCCGAACAGCCAGCTATCTCTTCAGAAATCTTATCCTTTCAGCTCTT

. : . : . : . : . : . :
JMSF045I24+ CGGACACAGGTTTTTGTCCCCATTTCTGCTCGTCTGCGAATCGCCAAACCCGCCAATATT
JMSF013M17+ CGGACACAGGTTTTTGTCCCCATTTCTGCTCGTCTGCGAATCGCCAAACCCGCCAATATT
JMFF019D17+ CGGACACAGGTTTTTGTCCCCATTTCTGCTCGTCTGCGAATCGCCAAACCCGCCAATATT
JMSF022J19+ GGACACAGGTTTTTGTCCCCATTTCTGCTCGTCTGCGAATCGCCAAACCCGCCAATATT
JMSF013N06+ ACAGGTTTTTGTCCCCATTTCTGCTCGTCTGCGAATCGCCAAACCCGCCAATATT
JMFF025N22+ AGGTTTTTGTCCCCATTTCTGCTCGTCTGCGAATCGCCAAACCCGCCAATATT
JMFF010G05+ GCCAAACCCGCCAATATT
____________________________________________________________
consensus CGGACACAGGTTTTTGTCCCCATTTCTGCTCGTCTGCGAATCGCCAAACCCGCCAATATT

. : . : . : . : . : . :
JMSF045I24+ ATCTCAATTTCTGTATTTCCCTTATCTTTAACCCCTCTGCCACTTACTAATTTCCCGTTA
JMSF013M17+ ATCTCAATTTCTGTATTTCCCTTATCTTTAACCCCTCTGCCACTTACTAATTTCCCGTTA
JMFF019D17+ ATCTCAATTTCTGTATTTCCCTTATCTTTAACCCCTCTGCCACTTACTAATTTCCCGTTA
JMSF022J19+ ATCTCAATTTCTGTATTTCCCTTATCTTTAACCCCTCTGCCACTTACTAATTTCCCGTTA
JMSF013N06+ ATCTCAATTTCTGTATTTCCCTTATCTTTAACCCCTCTGCCACTTACTAATTTCCCGTTA
JMFF025N22+ ATCTCAATTTCTGTATTTCCCTTATCTTTAACCCCTCTGCCACTTACTAATTTCCCGTTA
JMFF010G05+ ATCTCAATTTCTGTATTTCCCTTATCTTTAACCCCTCTGCCACTTACTAATTTCCCGTTA
____________________________________________________________
consensus ATCTCAATTTCTGTATTTCCCTTATCTTTAACCCCTCTGCCACTTACTAATTTCCCGTTA

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JMSF045I24+ TTTTATGAATCTTTAGGGGGGCTCAATCTATCTTACTGCCATCCCTTATCTTTGTTCTTC
JMSF013M17+ TTTTATGAATCTTTAGGGGGGCTCAATCTATCTTACTGCCATCCCTTATCTTTGTTCTTC
JMFF019D17+ TTTTATGAATCTTTAGGGGGGCTCAATCTATCTTACTGCCATCCCTTATCTTTGTTCTTC
JMSF022J19+ TTTTATGAATCTTTAGGGGGGCTCAATCTATCTTACTGCCATCCCTTATCCTTGTTCTTC
JMSF013N06+ TTTTATGAATCTTTAGGGGGGCTCAATCTATCTTACTGCCATCCCTTATCTTTGTTCTTC
JMFF025N22+ TTTTATGAATCTTTAGGGGGGCTCAATCTATCTTACTGCCATCCCTTATCTTTGTTCTTC
JMFF010G05+ TTTTATGAATCTTTAGGGGGGCTCAATCTATCTTACTGCCATCCCTTATCTTTGTTCTTC
JMSF041A07+ CTGCCATCCCTTATCTTTGTTCTTC
JMSF038B12+ GGGGGGCTCAATCTATCTTACTGCCATCCCTTATCTTTGTTCTTC
JMSF046H08+ CTTATCTTTGTTCTTC
____________________________________________________________
consensus TTTTATGAATCTTTAGGGGGGCTCAATCTATCTTACTGCCATCCCTTATCTTTGTTCTTC

. : . : . : . : . : . :
JMSF045I24+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC
JMSF013M17+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC
JMFF019D17+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC
JMSF022J19+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC
JMSF013N06+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC
JMFF025N22+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC
JMFF010G05+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC
JMSF041A07+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGNATCTTTATCCGATTGAATC
JMSF038B12+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC
JMSF046H08+ CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC
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consensus CTTTTTTGAACCCTCGAGTCATCGCCGGACTTAAAGGCTGTATCTTTATCCGATTGAATC

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JMSF045I24+ GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-TTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT
JMSF013M17+ GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-TTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT
JMFF019D17+ GANGGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTGGTTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT
JMSF022J19+ GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-TTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT
JMSF013N06+ GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-TTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT
JMFF025N22+ GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-TTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT
JMFF010G05+ GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-TTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT
JMSF041A07+ GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-NTTCTGGGTTTTCNGGTTTGGGTTATTCTT
JMSF038B12+ GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-TTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT
JMSF046H08+ GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-TTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT
____________________________________________________________
consensus GA-GGGGGGGTTTGTTAATTTTATCCTTG-TTTCTGGGTTTTCTGGTTTGGGTTATTCTT

. : . : . : . : . : . :
JMSF045I24+ GGATTTTTTGGGGATAATGGCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGAGATTTTCCAAAGGCCTTC
JMSF013M17+ GGATTTTTTGGGGATAATGGCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGAGATTTTCCAAAGGCCTTC
JMFF019D17+ GGA
JMSF022J19+ GGATTTTTTGGGGATAATGGCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGAGATTTTCCAAAGGCCTTC
JMSF013N06+ GGATTTTTTGGGGATAATGGCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGAGATTTTCCAAAGGCCTTC
JMFF025N22+ GGATTTTTTGGGGATAATGGCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGAGATTTTCCAAAGGCCTTC
JMFF010G05+ GGATTTTTTGGGGATAATGGCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGAGATTTTCCAAAGGCCTTC
JMSF041A07+ GGATTTTTTGGGGATAATGNCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGANATTTTCCAAAGGCCTTC
JMSF038B12+ GGATTTTTTGGGGATAATGGCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGAGATTTTCCAAAGGCCTTC
JMSF046H08+ GGATTTTTTGGGGATAATGGCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGAGATTTTCCAAAGGCCTTC
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consensus GGATTTTTTGGGGATAATGGCTTTGGTATCGGCTTTGCTTGAGATTTTCCAAAGGCCTTC

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JMSF045I24+ AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
JMSF013M17+ AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
JMSF022J19+ AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
JMSF013N06+ AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
JMFF025N22+ AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
JMFF010G05+ AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
JMSF041A07+ AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGANGGNGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
JMSF038B12+ AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
JMSF046H08+ AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
JMSF049D02+ AATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT
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consensus AATTGGGGATGTAATACTTGAGCTGATGGTGTTTACCACGCCTATCTGGGTAGCTGTGGT

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JMSF045I24+ GATTGGAGTTCTTGTGGGTTGGGCATGGAAGC
JMSF013M17+ GATTGG
JMSF022J19+ GATTGGAGTTCTTGTGGGTTGGGCATGGAAGCCCCGGTGGGCTAATCTTTGTGCTAGCAG
JMSF013N06+ GATTGGAGTTCTTGTGGGTTGGGCATGGAAGCCCCGGTGGGCTAATCTTTGTGCTAGCAG
JMFF025N22+ GATTGGAGTTCTTGTGGGTTGGGCATGGAAGCCCCGGTGGGCTAATCTTTGTGCTAGCAG
JMFF010G05+ GATTGGAGTTCTTGTGGGTTGGGCATGGAAGCCCCGGTGGGCTAATCTTTGTGCTAGCAG
JMSF041A07+ GATTGGAGTTCTTGTGGGTT
JMSF038B12+ GATTGGAGTTCTTGTGGGTTGGGCATGGAAGCCCCGGTGGGCTAATCTTTGTGCTAGCAG
JMSF046H08+ GATTGGAGTTCTTGTGGGTTGGGCATGGAAGCCCCGGTGGGCTAATCTTTGTGCTAGCAG
JMSF049D02+ GATTGGAGTTCTTGTGGGTTGGGCATGGAAGCCCCGGTGGGCTAATCTTTGTGCTAGCAG
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consensus GATTGGAGTTCTTGTGGGTTGGGCATGGAAGCCCCGGTGGGCTAATCTTTGTGCTAGCAG

. : . : . : . : . : . :
JMSF022J19+ AGATTCCTTTGACTCTTTTGTGTCATCCTCTACCGGTATAAACTTGCAGCAGGTGTTCAG
JMSF013N06+ AGATTCCTTTGACTCTTTTGTGTCATCCTCTACCGGTATAAACTNGCAGCA
JMFF025N22+ AGATTCCTTTGACTCTTTTGTGTCATCCTCTACCGGTATAAACTTGCAGCAGGTGT
JMFF010G05+ AGATTCCTTTGACTCTTTTGTGTCATCCTCTACCGGTATAAACTTGCAGCAGGTGTTCAG
JMSF038B12+ AGATTCCTTTGACTCTTTTGTGTCATCCTCTACCGGTATAAACTTGCAGCAGGTGTTCAG
JMSF046H08+ AGATTCCTTTGACTCTTTTGTGTCATCCTCTACCGGTATAAACTTGCAGCAGGTGTTCAG
JMSF049D02+ AGATTCCTTTGACTCTTTTGTGTCATCCTCTACCGGTATAAACTTGCAGCAGGTGTTCAG
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consensus AGATTCCTTTGACTCTTTTGTGTCATCCTCTACCGGTATAAACTTGCAGCAGGTGTTCAG

. : . : . : . : . : . :
JMSF022J19+ TGGGTTTAGCTCAATCCCAGCATTGAAACTGCAAATTCCCAAATGCTTTTCTTGGATTTC
JMFF010G05+ TGGGTTTAGCTCAATCCCAGCATTGAAACTGCAAATTCCCAAATGCTTTTCTTGGATTTC
JMSF038B12+ TGGGTTTAGCTCAATCCCAGCATTGAAACTGCAAATTCCCAAATGCTTTTCTTGGATTTC
JMSF046H08+ TGGGTTTAGCTCAATCCCAGCATTGAAACTGCAAATTCCCAAATGCTTTTCTTGGATTTC
JMSF049D02+ TGGGTTTAGCTCAATCCCAGCATTGAAACTGCAAATTCCCAAATGCTTTTCTTGGATTTC
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consensus TGGGTTTAGCTCAATCCCAGCATTGAAACTGCAAATTCCCAAATGCTTTTCTTGGATTTC

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JMSF022J19+ TGAGGAGACTTCTTCATCTCTCACACCTAACTCCAGTTCTCC
JMFF010G05+ TGANGAGACTTCTTCATCTCTCACACCT
JMSF038B12+ TGAGGAGACTTCTTCATCTCTCACACCTAACTCCAGTTCTCCCCTGCAAGAAAATGACAA
JMSF046H08+ TGAGGAGACTTCTTCATCTCTCACACCTAACTCCAGTTCTCCCCTGCAAGAAAATGACAA
JMSF049D02+ TGAGGAGACTTCTTCATCTCTCACACCTAACTCCAGTTCTCCCCTGCAAGAAAATGACAA
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consensus TGAGGAGACTTCTTCATCTCTCACACCTAACTCCAGTTCTCCCCTGCAAGAAAATGACAA

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JMSF038B12+ ATCTAGAGTTGTAGATGAGAATGACCTTTATCATTTGTACCAATTAGTTGAAGAGAAAGA
JMSF046H08+ ATCTAGAGTTGTAGATGAGAATGACCTTTATCATTTGTACCAATTAGTTGAAGAGAAAGA
JMSF049D02+ ATCTAGAGTTGTAGATGAGAATGACCTTTATCATTTATACCAATTAGTTGAAGAGAAAGA
____________________________________________________________
consensus ATCTAGAGTTGTAGATGAGAATGACCTTTATCATTTGTACCAATTAGTTGAAGAGAAAGA

. : . : . : . : . : . :
JMSF038B12+ TGATGGCCCTGCCTGGATTCAGATGATGGACCGGTCTGCAACGAACATGAGTTATCAAGC
JMSF046H08+ TGATGGCCCTGCCTGGATTCAGATGATGGACCGGTCTGCAACGAACATGAGTTATCAAGC
JMSF049D02+ TGATGGCCCTGCCTGGATTCAGATGATGGACCGGTCTGCAACGAACATGAGTTATCAAGC
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consensus TGATGGCCCTGCCTGGATTCAGATGATGGACCGGTCTGCAACGAACATGAGTTATCAAGC

. : . : . : . : . : . :
JMSF038B12+ ATGGAGAAGA
JMSF046H08+ ATGGAGAAGAGATCCTGAGACTGGTCCTCCGCAATACCGGAGCAGAACTGTGTATGAGGA
JMSF049D02+ ATGGAGAAGAGATCCTGAGACTGGTCCTCCGCAATACCGGAGCAGAACTGTGTATGAGGA
____________________________________________________________
consensus ATGGAGAAGAGATCCTGAGACTGGTCCTCCGCAATACCGGAGCAGAACTGTGTATGAGGA

. : . : . : . : . : . :
JMSF046H08+ TGCTACTCCTGAAATGGTGAGGGATTTCTTTTGGGATGATGAATTTCG
JMSF049D02+ TGCTACTCCTGAAATGGTGAGGGATTTCTTTTGGGATGATGAATTTCGAGCGAAGTGGGA
____________________________________________________________
consensus TGCTACTCCTGAAATGGTGAGGGATTTCTTTTGGGATGATGAATTTCGAGCGAAGTGGGA

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JMSF049D02+ TGATATGCTTATTCATGCTGAAACGTTGGAAGATCATCCTTCCACCGGAACTATGGTGGT
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consensus TGATATGCTTATTCATGCTGAAACGTTGGAAGATCATCCTTCCACCGGAACTATGGTGGT

. : . : . : . : . : . :
JMSF049D02+ TCAGTGGGTGCGCAAGTTTCCATTCTTTTGTAGCGATAGAGAATACATCATTGGCCGACG
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consensus TCAGTGGGTGCGCAAGTTTCCATTCTTTTGTAGCGATAGAGAATACATCATTGGCCGACG

. : . : . : . : . : . :
JMSF049D02+ A
____________________________________________________________
consensus A