Alignment Contig 6603

                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :

JMSF034L13+ GATCGACTATCGTCCCCTCAGCAGTCAGCATACACCTG-CTGTTACCAAATTATCGCAGG
JMFF029J07+ ACTATCGTCCCCTCAGCAGTCAGCATACACCTG-CTGTTACCAAATTATCGCAGG
JMFF047I19+ ACTATCGTCCCCTCAGCAGTCAGCATACACCTG-CTGTTACCAAATTATCGCAGG
JMFF027O13+ ACTATCGTCCCCTCAGCAGTCAGCATACACCTG-CTGTTACCAAATTATCGCAGG
JMFF043H19+ ACTATCGTCCCCTCAGCAGTCAGCATACACCTGGCTGTTACCAAATTATCGCAGG
JMSF032O19+ GCTGTTACCAAATTATCGCAGG
JMSF048M16+ GCTGTTACCAAATTATCGCAGG
JMSF052C22+ GCTGTTACCAAATTATCGCAGG
JMSF028N15+ GCTGTTACCAAATTATCGCAGG
____________________________________________________________
consensus GATCGACTATCGTCCCCTCAGCAGTCAGCATACACCTGGCTGTTACCAAATTATCGCAGG

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JMSF034L13+ AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
JMFF029J07+ AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
JMFF047I19+ AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
JMFF027O13+ AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
JMFF043H19+ AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
JMSF032O19+ AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
JMSF048M16+ AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
JMSF052C22+ AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
JMSF028N15+ AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
JMFF048E13+ GAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA
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consensus AGGGCAATCGCTTGGCATTGAGGAACGATGCAGGCCGTAACGAGGCGATTAGGGCACCAA

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JMSF034L13+ TATCTCAAACCTTCACATTCAGTTTCAGCTTTCAAGTCTTTCGATCTCCTCTCCGATCAC
JMFF029J07+ TATCTCAAACCTTCACATTCAGTTTCAGCTTTCAAGTCTTTCGATCTCCTCTCCGATCAC
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JMSF052C22+ TATCTCAAACCTTCACATTCAGTTTCAGCTTTCAAGTCTTTCGATCTCCTCTCCGATCAC
JMSF028N15+ TATCTCAAACCTTCACATTCAGTTTCAGCTTTCAAGTCTTTCGATCTCCTCTCCGATCAC
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JMSF034L13+ TATGGAATTGATACCCCGCGATATGCATCTACGCTCACAGCCTCTAAAGGTGTTGGGCAT
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consensus GGTGCTACTGGGTTTCTTGGGCGGTATCTTGTGCAGCAGCTTGCTAAAATGGGTTCTCAA

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JMSF034L13+ GTTTTGGTACCTTTCCGAGGATCTGAGGACTGTCATCGTCATCTCAAGTTAATGGGCGAT
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consensus GTTTTGGTACCTTTCCGAGGATCTGAGGACTGTCATCGTCATCTCAAGTTAATGGGCGAT

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JMSF034L13+ TTGGGTCAGATTGTTCCAATGAAGTACAACCCTAGAGATGAGAGTTCAGTTAAAGCAGTG
JMFF029J07+ TTGGGTCAGATTGTTCCAATGAAGTACAA
JMFF047I19+ TTGGGTCAGATTGTTCCAATGAAGTACAACCCTAGAGATGAGAGTTCAGTTAAAGCAGTG
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JMSF034L13+ GTGGCAAAGGCTAATGTTGTAATCAATCTTATTGGGAGGGAATATGAGACAAGGAATTAT
JMFF047I19+ GTGGNCAAAGCTAATGTTGTAATCAATCTTATTG
JMFF027O13+ GTGGCAAAGGCTAATGTTGTAATCAATCTTATTGGGAGGGAATATGAGACAAGGAATTAT
JMFF043H19+ GTGGCAAAGGCTAATGTTGTAATCAATCTTATTGGGAGGGAATATGAGACAAGGAATTAT
JMSF032O19+ GTGGCAAAGGCTAATGTTGTAATCAATCTTATTGGGAGGGAATATGAGACAAGGAATTAT
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consensus GTGGCAAAGGCTAATGTTGTAATCAATCTTATTGGGAGGGAATATGAGACAAGGAATTAT

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JMSF034L13+ AGCTTTGAGGAAGTGAACCACTATATGGCTGAACAGCTTGCAGCAATTTCAAAAGAACAC
JMFF027O13+ AGCTTTGAGGAAGTGAACCACTATATGGCTGAACAGCTTGCAGCA
JMFF043H19+ AGCTTTGAGGAAGTGAACCACTATATGGCTGAACAGCTTGCAGCAATTTCAAAAGAACAC
JMSF032O19+ AGCTTTGAGGAAGTGAACCACTATATGGCTGAACAGCTTGCAGCAATTTCAAAAGAACAC
JMSF048M16+ AGCTTTGAGGAAGTGAACCACTATATGGCTGAACAGCTTGCAGCAATTTCAAAAGAACAC
JMSF052C22+ AGCTTTGAGGAAGTGAACCACTATATGGCTGAACAGCTTGCAGCAATTTCAAAAGAACAC
JMSF028N15+ AGCTTTGAGGAAGTGAACCACTATATGGCTGAACAGCTTGCAGCAATTTCAAAAGAACAC
JMFF048E13+ AGCTTT
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consensus AGCTTTGAGGAAGTGAACCACTATATGGCTGAACAGCTTGCAGCAATTTCAAAAGAACAC

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JMSF034L13+ GGTGGAATCATGCGATTTATACAGGTTTCGTGTTTGGGGGCATCTCCAACATCTCCCTCC
JMFF043H19+ GGTGGAATCATGCGATTTATACAGGTTTCGTGTTTGGGGGCATCTC
JMSF032O19+ GGTGGAATCATGCGATTTATACAGGTTTCGTGTTTGGGGGCATCTCCAACATCTCCCTCC
JMSF048M16+ GGTGGAATCATGCGATTTATACAGGTTTCGTGTTTGGGGGCATCTCCAACATCTCCCTCC
JMSF052C22+ GGTGGAATCATGCGATTTATACAGGTTTCGTGTTTGGGGGCATCTCCAACATCTCCCTCC
JMSF028N15+ GGTGGAATCATGCGATTTATACAGGTTTCGTGTTTGGGGGCATCTCCAACATCTCCCTCC
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consensus GGTGGAATCATGCGATTTATACAGGTTTCGTGTTTGGGGGCATCTCCAACATCTCCCTCC

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JMSF034L13+ AG
JMSF032O19+ AGAATGC
JMSF048M16+ AGAATGCGCAGAGCAAAAGCTACAGCTGAAGANGCTGTTTTAAGAGAA
JMSF052C22+ AGAATG
JMSF028N15+ AGAATGC
____________________________________________________________
consensus AGAATGCGCAGAGCAAAAGCTACAGCTGAAGANGCTGTTTTAAGAGAA