Alignment Contig 6287

                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :

JMFS111F12+ AGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGNNCCTCTGTACAAAGCCCAAAATTATTTGTT
JMFS036A10+ ACAAAGCCCAAAATTATTTGTT
rJMFF044A02+ CTCTGTACAAGGCCCAAAATTATTTGTT
rJMFF012F04+ TATTTGTT
rJMFF010C22+ ATTTGTT
rJMFF004I13+ TTTGTT
rJMFF028M23+ TTTGTT
rJMFF018N14+ TTTGTT
____________________________________________________________
consensus AGTCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGNNCCTCTGTACAAAGCCCAAAATTATTTGTT

. : . : . : . : . : . :
JMFS111F12+ CTGGTCATTCCAGGGTCCATAGCTAAATTCAAAGCTGCCTAAACCCGAGAAAATGAAACA
JMFS036A10+ CTGGTCATTCCAGGGTCCATAGCTAAATTCAAAGCTGCCTAAACCCGAGAAAATGAAACA
rJMFF044A02+ CTGGTCATTCCAGGGTCCATAGCTAAATTCAAAGCTGCCTAAACCCGAGAAAATGAAACA
rJMFF012F04+ CTGGTCATTCCAGGGTCCATAGCTAAATTCAAAGCTGCCTAAACCCGAGAAAATGAAACA
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rJMFF010C22+ CTGGTCATTCCAGGGTCCATAGCTAAATTCAAAGCTGCCTAAACCCGAGAAAATGAAACA
rJMFF026B20+ TAGCTAAATTCAAAGCTGCCTANACCCGAGAAAATGAAACA
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rJMFF004I13+ CTGGTCATTCCAGGGTCCATAGCTAAATTCAAAGCTGCCTAAACCCGAGAAAATGAAACA
rJMFF028M23+ CTGGTCATTCCAGGGTCCATAGCTAAATTCAAAGCTGCCTAAACCCGAGAAAATGAAACA
rJMFF018N14+ CTGGTCATTCCAGGGTCCATAGCTAAATTCAAAGCTGCCTAAACCCGAGAAAATGAAACA
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consensus CTGGTCATTCCAGGGTCCATAGCTAAATTCAAAGCTGCCTAAACCCGAGAAAATGAAACA

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JMFS111F12+ AAGATGGTTTCTTTTCTCAAATCCCATTCTTGATTCTGGCTCCTCTTCCCTTCTCTACTC
JMFS036A10+ AAGATGGTTTCTTTTCTCAAATCCCATTCTTGATTCTGGCTCCTCTTGCCTT
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rJMSF009L09+ AAGATGGTTTCTTTTCTCAAATCCCATTCTTGATTCTGGCTCCTCTTCCCTTCTCTACTC
rJMSF023A14+ AAGATGGTTTCTTTTCTCAAATCCCATTCTTGATTCTGGCTCCTCTTCCCTTCTCTACTC
rJMFF004I13+ AAGATGGTTTCTTTTCTCAAATCCCATTCTTGATTCTGGCTCCTCTTCCCTTCTCTACTC
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consensus AAGATGGTTTCTTTTCTCAAATCCCATTCTTGATTCTGGCTCCTCTTCCCTTCTCTACTC

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JMFS111F12+ TAATCGGTTAACTCCGACGCGATTCACGGT-CGCCGCCGCTGCAGCTGCCGCTGCATATC
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JMFS111F12+ TCAATCCGTGATTGCTGGTGGCTGGCTGCATGCACATCCCGCGCCCAATCCCATTCTGCA
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rJMSF009L09+ TCAATCCGTGATTGCTGGTGGCTGGCTGCATGCACATCCCGCGCCCAATCCCATTCTGCA
rJMSF023A14+ TCAATCCGTGATTGCTGGTGGCTGGCTGCATGCACATCCCGCGCCCAATCCCATTCTGCA
rJMFF004I13+ TCAATCCGTGATTGCTGGTGGCTGGCTGCATGCACATCCCGCGCCCAATCCCATTCTGCA
rJMFF028M23+ TCAATCCGTGATTGCTGGTGGCTGGCTGCATGCACACCCCGCGCCCAATCCCATTCTGCA
rJMFF018N14+ TCAATCCGTGATTGCTGGTGGCTGGCTGCATGCACATCCCGCGCCCAATCCCATTCTGCA
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consensus TCAATCCGTGATTGCTGGTGGCTGGCTGCATGCACATCCCGCGCCCAATCCCATTCTGCA

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JMFS111F12+ ATTGCTGTTGCTGTTGAAACTGAAACTGCTGTTGTTGTTGTTGGTGGTGTTGGTGATAAC
rJMFF044A02+ ATTGCTGTTGCTGTTGAAACTGAAACTGCTGTTGTTGTTGTTGGTGGTGTTGGTGATAAC
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rJMSF051O16+ ATTGCTGTTGCTGTTGAAACTGAAACTGCTGTTGTTGTTGTTGGTGGTGTTGGTGATAAC
rJMFF010C22+ ATTGCTGTTGCTGTTGAAACTGAAACTGCTGTTGTTGTTGTTGGTGGTGTTGGTGATAAC
rJMFF026B20+ ATTGCTGTTGCTGTTGAAACTGAAACTGCTGTTGTTGTTGNTGGTGGTGTTGGTGATAAC
rJMSF009L09+ ATTGCTGTTGCTGTTGAAACTGAAACTGCTGTTGTTGTTGTTGGTGGTGTTGGTGATAAC
rJMSF023A14+ ATTGCTGTTGCTGTTGAAACTGAAACTGCTGTTGTTGTTGTTGGTGGTGTTGGTGATAAC
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JMFS111F12+ GCTGCTGCTGCGGCGGCGATGGTGGTTGTTGTTGCTGTTCGACGCCCATCATGGAGTTC
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rJMFF026B20+ GCTGCTGCTGCAGCGGCNATGGTGGTTGTTGTTGTTGTTCGACGCCCATCATGTACTTCC
rJMSF009L09+ GCTGCTGCTGCGGCGGCGATGGTGGTTGTTGTTGTTGTTCGACGCCCATCATGTAGTTCC
rJMSF023A14+ GCTGCTGCTGCGGCGGCGATGGTGGTTGTTGTTGTTGTTCGACGCCCATCATGTAGTTCC
rJMFF004I13+ GCTGCTGCTGCGGCGGCGATGGTGGTTGTTGTTGTTGTTCGACGCCCATCATGTAGTTCC
rJMFF028M23+ GCTGCTGCTGCGGCGGCGATGGTGGTTGTTGTTGTTGTTCGACGCCCATCATGTAGTTCC
rJMFF018N14+ GCTGCTGCTGCGGCGGCGATGGTGGTTGTTGTTGTTGTTCGACNCCCATCATGTAGTTCC
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consensus GCTGCTGCTGCGGCGGCGATGGTGGTTGTTGTTGTTGTTCGACGCCCATCATGTAGTTCC

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rJMFF044A02+ GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TAGCTCCTGGCTGAACGGGAGA
rJMFF012F04+ GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TAGCTCCTGGCTGAACGGGAGA
rJMSF051O16+ GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TAGCTCCTGGCTGAACGGGAGA
rJMFF010C22+ GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TAGCTCCTGGCTGAACGGGAGA
rJMFF026B20+ GCACCTCCGNCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAGATAGCTCCTGGCTGAACNGNAGA
rJMSF009L09+ GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TAGCTCCTGGCTGAACGGGAGA
rJMSF023A14+ GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TAGCTCCTGGCTGAACGGGAGA
rJMFF004I13+ GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TAGCTCCTGGCTGAACGGGAGA
rJMFF028M23+ GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TAGCTCCTGGCTGAACGGGAGA
rJMFF018N14+ GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TANCTCCTGGCTGAACGGGAGA
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consensus GCACCTCCGTCTTTATCATGTCCTGCATCACCGCCAG-TAGCTCCTGGCTGAACGGGAGA

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rJMFF044A02+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC
rJMFF012F04+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC
rJMSF051O16+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC
rJMFF010C22+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC
rJMFF026B20+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCANCNGC
rJMSF009L09+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC
rJMSF023A14+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC
rJMFF004I13+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC
rJMFF028M23+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC
rJMFF018N14+ AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC
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consensus AAAACTCGGTCTTGCTGAGCCGGCACCGCCTCCTTTGGCGGTATTGGACAAGCCATCGGC

. : . : . : . : . : . :
rJMFF044A02+ GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCGAGTGGCTGTTGAAACGGCACCGGCAGG
rJMFF012F04+ GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCGAGTGGCTGTTGAAACGGCACCGGCAGG
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rJMFF010C22+ GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCGAGTGGCTGTTGAAACGGCACCGGCAGG
rJMFF026B20+ GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCGAGTGGCTGNTGAAACGGCACCGGCAGG
rJMSF009L09+ GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCGAGTGGCTGTTGAAACGGCACCGGCAGG
rJMSF023A14+ GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCGAGTGGCTGTTGAAACGGCACCGGCAGG
rJMFF004I13+ GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCGAGTGGCTGTTGAAACGGCACCGGCAGG
rJMFF028M23+ GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCGAGTGGCTGTTGAAACGGCACCGGCAG
rJMFF018N14+ GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCTAGTGGCTGTTGAAACGGCACCGGCANG
____________________________________________________________
consensus GGTGGCGCGCCTCCTCCAAGATCGAATTTTTCGAGTGGCTGTTGAAACGGCACCGGCAGG

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rJMFF044A02+ GGAA
rJMFF012F04+ GGCTTATGGGTTGAGTTGACTCGGTCAATCTAGGGGAGACATCGGACGAGGAGTCAACTC
rJMSF051O16+ GG
rJMFF010C22+ GGAAGGGGTGGGGGAGGGGGAGGGG
rJMFF026B20+ GGAAGG
rJMSF009L09+ GG
rJMSF023A14+ GGAAGGGGTGGGGGAGGGGGAGGG
rJMFF004I13+ GG
rJMFF018N14+ GGAAAGGGTGGGGGAGGGGG
____________________________________________________________
consensus GGAAGGGGTGGGGGAGGGGGAGGGGCAATCTAGGGGAGACATCGGACGAGGAGTCAACTC

. : . : . : . : . : . :
rJMFF012F04+ CTGGGAGAGAGAGGCTGAGCGAAGTANGAGGGTCGTTCAGTGGCGGTGGCGGAGGTGTCT
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consensus CTGGGAGAGAGAGGCTGAGCGAAGTANGAGGGTCGTTCAGTGGCGGTGGCGGAGGTGTCT

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consensus CTACCGGTGGTGGCAGAACTCCACCTGTTCTTGCTATCGGTTTAAACACATGAGACGGGG

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rJMFF012F04+ ACATAA
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consensus ACATAA