Alignment Contig 3652

                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :

JMSF020F02+ GACCCTTTTTTTCTTTTGTTCTACGCTTACAGGAGGGAGTGTTTGTTTGTTTGTGTGTGT
JMSF019B04+ GGTCGTTTGTTTGTGTGTGT
____________________________________________________________
consensus GACCCTTTTTTTCTTTTGTTCTACGCTTACAGGAGGGAGTGGTCGTTTGTTTGTGTGTGT

. : . : . : . : . : . :
JMSF020F02+ GTATAGATATAGATCAATACATAAGGGAATATAATGAGAGGGCCATTGGGAGCTGTGATT
JMSF028P04+ GAGAGGGCCATTGGGAGCTGTGATT
JMSF019B04+ GTATAGATATAGATCAATACATAAGGGAATATAATGAGAGGGCCATTGGGAGCTGTGATT
JMSF026D12+ GAGAGGGCCATTGGGAGCTGTGATT
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consensus GTATAGATATAGATCAATACATAAGGGAATATAATGAGAGGGCCATTGGGAGCTGTGATT

. : . : . : . : . : . :
JMSF020F02+ GGGAAGTACCCTTCAAGTGATGGGAATGGGGAAGTGAGTAGTGGTGATGGGATTATAAAG
JMSF028P04+ GGGAAGTACCCTTCAAGTGATGGGAATGGGGAAGTGAGTAGTGGTGATGGGATTATAAAG
JMSF019B04+ GGGAAGTACCCTTCAAGTGATGGGAATGGGGAAGTGAGTAGTGGTGATGGGATTATAAAG
JMSF026D12+ GGGAAGTACCCTTCAAGTGATGGGAATGGGGAAGTGAGTAGTGGTGATGGGATTATAAAG
JMFS045F09+ TGGGATTATAAAG
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consensus GGGAAGTACCCTTCAAGTGATGGGAATGGGGAAGTGAGTAGTGGTGATGGGATTATAAAG

. : . : . : . : . : . :
JMSF020F02+ CACAACAGGAAATGCAGAGATGTGGTGTTTCTGCTCATCTTCATTGCTTTCTGGGTGGCT
JMSF028P04+ CACAACAGGAAATGCAGAGATGTGNNGTTTCTGCTCNTCTTCATTGCTTTCTGGGTGGCT
JMSF019B04+ CACAACAGGAAATGCAGAGATGTGGTGTTTCTGCTCATCTTCATTGCTTTCTGGGTGGCT
JMSF026D12+ CACAACAGGAAATGCAGAGATGTGGTGTTTCTGCTCATCTTCATTGCTTTCTGGGTGGCT
JMFS045F09+ CACAACAGGAAATGCAGAGATGTGGTGTTTCTGATCATCTTCATTGCATTTTGGGTTGCT
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consensus CACAACAGGAAATGCAGAGATGTGGTGTTTCTGCTCATCTTCATTGCTTTCTGGGTGGCT

. : . : . : . : . : . :
JMSF020F02+ ATGATAGTAAATTCCAGCTTTGGATTCAACCAAGGAAACCCATTAAGGTTGACTTATGNA
JMSF028P04+ ATGATAGTAAATTCCANCTTTGGATT
JMSF019B04+ ATGATAGTAAATTCCAGCTTTGGATTCAACCAAGGAAACCCATTAAGGNTGACTTATGGA
JMSF026D12+ ATGATAGTAAATTCCAGCTTTGGATTCAACCAAGGAAACCCATTAAGGTTGACTTATGGA
JMFS045F09+ ATGATTGTGAATTCTAGCTTTGGATTCAACAAAGGAAACCCATTAAGGTTAACTTATGGG
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consensus ATGATAGTAAATTCCAGCTTTGGATTCAACCAAGGAAACCCATTAAGGTTGACTTATGGA

. : . : . : . : . : . :
JMSF020F02+ CTGGACTATAAAGGCAACGTTTGTGGTGACAGACATGCANACCCNAACCTTCACGAGTTG
JMSF019B04+ CTGGACTATAAAGG
JMSF026D12+ CTGGACTATAAAGGCAACGTTTGTGGTGACAGACATGCAGACCCGAACCTTCACGAGTTG
JMFS045F09+ CTTGATTATAAAGGTAACATTTGTGGTGACCGACATGCAGACCCTAACCTTCATAATTTG
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consensus CTGGACTATAAAGGCAACGTTTGTGGTGACAGACATGCAGACCCGAACCTTCACGAGTTG

. : . : . : . : . : . :
JMSF020F02+ GACCTCANATATTGNTTAAATCCCAACGAAGTTTATCAAAGTGGC
JMSF026D12+ GACCTCAGATATTGGTTAAATCCCAACGAAGTTTATCAAAGTGGCTCGAAGGACAGTGAT
JMFS045F09+ GAAGTCAGATATTGGTTAAATCCCAATGAGGTTTATCAAAGTGGTCTAAAGGATGGTGAT
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consensus GACCTCAGATATTGGTTAAATCCCAACGAAGTTTATCAAAGTGGCCCAAAGGACAGTGAT

. : . : . : . : . : . :
JMSF026D12+ GTCAAGCTTGCTAATGCCCGAAGTATTTGCTTGATGGACTGCCCTATCCCGTCAGAAGAT
JMFS045F09+ GTCAAGCTTCCAAATGCCCGAAGTATTTGCTTGTTGGACTGCCCTATTCCATCAGAAGAT
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consensus GTCAAGCTTCCAAATGCCCGAAGTATTTGCTTGATGGACTGCCCTATCCCATCAGAAGAT

. : . : . : . : . : . :
JMSF026D12+ TCACTAAATTGGGTTTGTGACTATCCCGAGGGTGACATTCGTCTTGCAGTTGATGACTGG
JMFS045F09+ TCACTAAATTGGGTCTGTGATTATCCAGATGGTGACGTTCGTCTCTCAGTTGAAAACTGG
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consensus TCACTAAATTGGGTCTGTGACTATCCAGAGGGTGACATTCGTCTCGCAGTTGAAAACTGG

. : . : . : . : . : . :
JMSF026D12+ ATTGATAGAAACTATGATTATTTTGCTGACCTTACTCCTGAATTAAGGAACGCGTCCCTT
JMFS045F09+ ATTGATAGGAATTATGATTATTTTGCTGATCTTCCTCCTGATTTAAGGAAAAATTCTCTT
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consensus ATTGATAGAAACTATGATTATTTTGCTGACCTTACTCCTGAATTAAGGAAAAAGTCCCTT

. : . : . : . : . : . :
JMSF026D12+ CAGCTTCAGGGTCCTTGTTACCCTGTCATATTTCCTAGCGTTAATGTTTATTGGAGCTGC
JMFS045F09+ CAGCTCCTGGGTCCATGTTACCCTGTCATATTTCCTAGTGTTAATGTTTATTGGAGCTGC
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consensus CAGCTCCAGGGTCCATGTTACCCTGTCATATTTCCTAGCGTTAATGTTTATTGGAGCTGC

. : . : . : . : . : . :
JMSF026D12+ CAATTTATTGCTCGGGCATCAAATGTGTCTTTGCGGCATTGGAAGGAGATGGGTGGGATT
JMFS045F09+ CAATTTATTTCTCGCTTGTCAAATGTGTCTTTGCGGCAT
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consensus CAATTTATTGCTCGCGCATCAAATGTGTCTTTGCGGCATTGGAAGGAGATGGGTGGGATT

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JMSF026D12+ GAAAATTTTTGAGGATATTATAATAGATAAAGCAATTCATAGGTCCATCAACTCCCGATC
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consensus GAAAATTTTTGAGGATATTATAATAGATAAAGCAATTCATAGGTCCATCAACTCCCGATC

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JMSF026D12+ ATCAGTCTTTAAGCGATACGTTGCTGAT
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consensus ATCAGTCTTTAAGCGATACGTTGCTGAT