Contig 004090:  Sequence
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JMFF041E05-                                                          TTGAACGAGTTTG
                      ____________________________________________________________
consensus                                                            TTGAACGAGTTTG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           GAGGACTGAAGAGATCTTACTATATGGATCCACAGCCAATGAAAAACCTCGAGTGGCACC
                      ____________________________________________________________
consensus             GAGGACTGAAGAGATCTTACTATATGGATCCACAGCCAATGAAAAACCTCGAGTGGCACC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           TCTATGAATACGAAATCAACAAGTACGATGCCTGTGCTTTGTACCGATTGGAACTAAAGC
                      ____________________________________________________________
consensus             TCTATGAATACGAAATCAACAAGTACGATGCCTGTGCTTTGTACCGATTGGAACTAAAGC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           TCGTGGATGGAAAGAAAAGCCCGAAAGGAAAAGTAAGCACCGAGTCAGTCGTTGATCTGC
                      ____________________________________________________________
consensus             TCGTGGATGGAAAGAAAAGCCCGAAAGGAAAAGTAAGCACCGAGTCAGTCGTTGATCTGC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           AAAAGCAAATGGTGAGGCTCACCGCAGAATTCCCTCCCGAAAACAAGCGCCCTGTCAAAG
                      ____________________________________________________________
consensus             AAAAGCAAATGGTGAGGCTCACCGCAGAATTCCCTCCCGAAAACAAGCGCCCTGTCAAAG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           GTAGGGCGAAGTCCAACTTGAAAGACAGTACCGGTTGCATTCCTCCCATACCAAACCAAA
                      ____________________________________________________________
consensus             GTAGGGCGAAGTCCAACTTGAAAGACAGTACCGGTTGCATTCCTCCCATACCAAACCAAA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           TGATTCCTGTTTCTGAAGGGTTTGGTTATCCCCCCGGGGCAACCTACGATTACCTTATTG
rJMFF041E05+                                   TTATCCCCCCGGGGCAACCTACGATTACCTTATTG
                      ____________________________________________________________
consensus             TGATTCCTGTTTCTGAAGGGTTTGGTTATCCCCCCGGGGCAACCTACGATTACCTTATTG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           ACAATCTGAGTGGTTACTATCTAACGTAATATCATACAGGTTTTGACAAACTCAACTGAA
rJMFF041E05+          ACAATCTGAGTGGTTACTATCTAACGTAATATCATACAGGTTTTGACAAACTCAACTGAA
                      ____________________________________________________________
consensus             ACAATCTGAGTGGTTACTATCTAACGTAATATCATACAGGTTTTGACAAACTCAACTGAA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           TATGCATATCTCATGCTCGTCTGTTTAGTGTACATCAGTCGCATTTTTCACCCGGCTTCA
rJMFF041E05+          TATGCATATCTCATGCTCGTCTGTTTAGTGTACATCAGTCGCATTTTTCACCCGGCTTCA
                      ____________________________________________________________
consensus             TATGCATATCTCATGCTCGTCTGTTTAGTGTACATCAGTCGCATTTTTCACCCGGCTTCA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           CAGCAGACGAAGAAGTTTATGAAGTCGTCCCGCCTTAGTCTCAGTGAAGAAGTGTATTTC
rJMFF041E05+          CAGCAGACGAAGAAGTTTATGAAGTCGTCCCGCCTTAGTCTCAGTGAAGAAGTGTATTTC
                      ____________________________________________________________
consensus             CAGCAGACGAAGAAGTTTATGAAGTCGTCCCGCCTTAGTCTCAGTGAAGAAGTGTATTTC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           TTCCTGGTTATATGTCTTTGATTATACTCGTGTCCCGGAAGTTCTAACTCCTTGCTATAA
rJMFF041E05+          TTCCTGGTTATATGTCTTTGATTATACTCGTGTCCCGGAAGTTCTAACTCCTTGCTATAA
                      ____________________________________________________________
consensus             TTCCTGGTTATATGTCTTTGATTATACTCGTGTCCCGGAAGTTCTAACTCCTTGCTATAA
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
JMFF041E05-           ATGTACAGAGCTATGAACAAAAATTTATCGAGCTTGAATGCT                  
rJMFF041E05+          ATGTACAGAGCTATGAACAAAAATTTATCGAGCTTGAATGCTCTTTCAATCTGTAATGGC
                      ____________________________________________________________
consensus             ATGTACAGAGCTATGAACAAAAATTTATCGAGCTTGAATGCTCTTTCAATCTGTAATGGC
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
rJMFF041E05+          GATTTTTGCTAATCATAATGGAGTCCTCAGATGGTTCTTGTTTATCTATTATATCAACTG
                      ____________________________________________________________
consensus             GATTTTTGCTAATCATAATGGAGTCCTCAGATGGTTCTTGTTTATCTATTATATCAACTG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
rJMFF041E05+          TCCAGTTGATTATTCAGTTTAAACATTGAATCTTTCTTTTGGGGATAAAAATAGGTTTTT
                      ____________________________________________________________
consensus             TCCAGTTGATTATTCAGTTTAAACATTGAATCTTTCTTTTGGGGATAAAAATAGGTTTTT
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
rJMFF041E05+          TACCCCCTCAATAGTAGACTTGTGGCCATGATGATGGCTGAATCTCTCTGAATAATTGTG
                      ____________________________________________________________
consensus             TACCCCCTCAATAGTAGACTTGTGGCCATGATGATGGCTGAATCTCTCTGAATAATTGTG
 
                          .    :    .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
rJMFF041E05+          ATTGAAGTGGCGAATGGTTTATTCTCCCCCAATAATTACTACACACTCTAGTTAATTACT
                      ____________________________________________________________
consensus             ATTGAAGTGGCGAATGGTTTATTCTCCCCCAATAATTACTACACACTCTAGTTAATTACT